Чтение последовательностей по Сэнгеру.
Изначально полученные последовательности: прямая; обратная
Последовательности были просмотрены и отредактированы после программы Chromas:
прямая WS2981_H3_F_B03_2013-06-11-22-09-18
обратная WS2981_H3_R_B04_2013-06-11-22-09-18
Задание №1:
При помощи программы Chromas были просмотрены хромотограммы и исправлены места, которые, как мне показалось, были не очень точно определены. Маленькими строчными буквами выделены места исправлений.
Здесь представлены результаты, полученные уже после исправлений и применения программы needlle для выравнивания: "результат"
Также для наглядности выравнивнаия была применена программа JalView. Проект JalView.
Прямая последовательность:
Обратная последовательность:
Обоснование:
21 нуклеотид является проблемным, так как непонятно появился красный пик, сопоставимый по величине с зеленым. Изначально стояла N. Но из хроматограммы видно, что здесь выбор стоит между
A и C, также на решение повлияло то, что вобратном прочтении на этом месте стоит M.
30 - я поставила g, так как мне показалось, что его пик значительно превышает пик для С(который по-моему мнению является шумом). Также он достаточно явно выделяется на обратной хроматограмме,
где программа с высокой точностью определила G.(Изначально стояло N)
135-136 - мне кажется, что это полиморфизмы, так как на обоих прочтениях у нуклеотидов по 2, практически равных по величине, пика.
Изначально стояли N на обеих позициях, но так как особенно выражеы пики от A, G и C, T(соответсвеннно 135 и 136), я заменила их на r и y.
Характеристика хроматограммы:
1. Для прямого прочтения: длина начального нечитаемого участка - 46(примерно с 47 нет сильного шума и шкала достоверности достаточно заполнена)
длина конечного нечитаемого участка - 4
Для обратного прочтения: длина начального нечитаемого участка - 5
длина конечного нечитаемого участка - 58
2. В целом сигналы сильно превышают шум и по всей длине читаемого участка хорошо выражены. N встречается крайне редко(концевые участки не рассматриваем). Полиморфизмы также не сильно характерны для данной хроматограммы. Мне кажется, что такую хроматограмму можно назвать хорошей.
Задание №2:
Пример нечитаемой хроматограммы.
Как видно на изображении, хроматограмма не может быть прочитана. На всем протяжении хроматограммы возникают 2-3 соизмеримых пика. Так как таких мест достаточно много, то это не полиморфизмы, а скорее всего загрязнение образца другими молекулами ДНК.