Emboss.

Задание 1:Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл.
Взяли: seq1.fasta, seq2.fasta
Вызвали: seqret "*.fasta" seq3.fasta
Получили: seq3.fasta

Задание 2:Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы.
Взяли: seq3.fasta
Вызвали: seqretsplit seq3.fasta
Получили: ky014278.1.fasta, mf349112.1.fasta

Задание 4:Транслировать кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные.
Взяли: coding.fasta
Вызвали: transeq coding.fasta tsk4.fasta -table 0
Получили: tsk4.fasta

Задание 5:Транслировать данную нуклеотидную последовательность в шести рамках..
Взяли: coding.fasta
Вызвали: transeq coding.fasta tsk5.fasta -frame 6 -table 0
Получили: tsk5.fasta

Задание 6:Перевести выравнивание и из fasta формате в формат ".msf".
Взяли: seq1.fasta
Вызвали: seqret seq1.fasta msf::tsk6.msf
Получили: tsk6.msf

Задание 7:Выдать в выходной поток число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными.
Взяли: align.fasta
Вызвали: infoalign align.fasta -refseq 2 -only -name –idcount
Получили: tsk7.infoalign

Задание 8:(featcopy) Перевести аннотации особенностей в записи формата .gb в табличный формат .gff
Взяли: seq_gb.gb
Вызвали: featcopy seq_gb.gb tsk8.gff
Получили: tsk8.gff

Задание 10:Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности.
Взяли: seq1.fasta
Вызвали: shuffleseq seq1.fasta tsk10.fasta
Получили: tsk10.fasta

Задание 13:Найдите частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях.
Взяли: coding.fasta
Вызвали: cusp coding.fasta tsk13.cusp
Получили: tsk13.cusp

Задание 19:Создайте три случайных нуклеотидных последовательностей длины сто.
Взяли: -------
Вызвали: makenucseq -amount 3 -length 100 tsk19.fasta
Получили: tsk19.fasta

Главная страница.

Страница второго курса.