A- и В- формы ДНК. Структура РНК.
С помощью пакета 3DNA на операционной системе LINUX построили модели структур A-, B- и Z-формы ДНК. ДНК представляла собой в нашем случаем 5 раз повторенную последовательность "GATC". Ниже представлены ссылки на данные структуры:
А-форма ДНК:
B-форма ДНК:
Z-форма ДНК:
Задание №2:
Красные обращены в сторону большой бороздки, синие - в сторону малой.
| A-форма | B-форма | *Z-форма | |
| Тип спирали (правая или левая) | правая | правая | левая |
| Шаг спирали | 28,03 | 29,10 | 37,82 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | [DG]17:A.P #329 - [DT]27:B.P #536 : 16.96 | [DC]8:A.P #146 - [DA]30:B.P #597 : 17.21 | [DC]26:B.P #515 - [DC]14:A.P #269 : 16.07 |
| Ширина малой бороздки | [DC]28:B.P #556 - [DT]7:A.P #126 : 7.98 | [DG]17:A.P #329 - [DC]28:B.P #556 : 11.69 | [DG]15:A.P #288 - [DG]29:B.P #575 : 7.19 |
Задание №3:
При помощи пакета 3DNA проанализировали структуры нуклеиновых кислот: ДНК и т-РНК.
Торсионные углы нуклеотидов:
| alpha | beta | gamma | delta | epsilon | zeta | chi | ||
| ДНК | -42,81 | 60,96 | 9,21 | 140,25 | -102,34 | -73,65 | -101,73 | |
| тРНК | -46,16 | 11,39 | 49,22 | 89,74 | -146,70 | -68,03 | -144,24 |
Самое большое отклонение в тРНК у нуклеотида: B:.918_:[..G]
Самое большое отклонение в ДНК у нуклеотида: U:..14_:[..A]
Значения торсионных углов тРНК более близки к характеристикам А-формы.
Определение структуры водородных связей:
- Нуклеотиды, образующие стебли в тРНК:
(0.043) ....>B:.901_:[PSU]P-**--A[..A]:.972_:B<.... (0.002) |
(0.002) ....>B:.902_:[..U]U-----A[..A]:.971_:B<.... (0.004) |
(0.004) ....>B:.903_:[..C]C-----G[..G]:.970_:B<.... (0.004) |
(0.005) ....>B:.904_:[..C]C-----G[..G]:.969_:B<.... (0.004) |
(0.003) ....>B:.905_:[..U]U-*---G[..G]:.968_:B<.... (0.008) |
(0.003) ....>B:.906_:[..C]C-----G[..G]:.967_:B<.... (0.011) |
(0.004) ....>B:.907_:[..G]G-----C[..C]:.966_:B<.... (0.004) |
(0.013) ....>B:.949_:[5MC]c-----G[..G]:.965_:B<.... (0.005) |
(0.004) ....>B:.950_:[..C]C-----G[..G]:.964_:B<.... (0.007) |
(0.006) ....>B:.951_:[..A]A-----U[..U]:.963_:B<.... (0.005) |
(0.010) ....>B:.952_:[..G]G-----C[..C]:.962_:B<.... (0.006) |
(0.010) ....>B:.953_:[..G]G-----C[..C]:.961_:B<.... (0.004) |
(0.008) ....>B:.939_:[..C]C-----G[..G]:.931_:B<.... (0.010) |
(0.003) ....>B:.940_:[..C]C-----G[..G]:.930_:B<.... (0.007) |
(0.006) ....>B:.941_:[..A]A-----U[..U]:.929_:B<.... (0.005) |
(0.010) ....>B:.942_:[..G]G-----C[..C]:.928_:B<.... (0.004) |
(0.003) ....>B:.943_:[..A]A-**--P[PSU]:.927_:B<.... (0.044) |
(0.008) ....>B:.944_:[..A]A-*---g[M2G]:.926_:B<.... (0.013) |
(0.007) ....>B:.910_:[2MG]g-----C[..C]:.925_:B<.... (0.008) |
(0.003) ....>B:.911_:[..C]C-----G[..G]:.924_:B<.... (0.010) |
(0.004) ....>B:.912_:[..C]C-----G[..G]:.923_:B<.... (0.012) |
(0.010) ....>B:.913_:[..C]C-**--C[..C]:.922_:B<.... (0.005) |
- Неканонические взаимодействия (9 штук):
[PSU]P-**--A [2] N3 * N1 2.74 O2 * N6 2.91
U-*---G [2] O2 - N1 2.74 N3 - O6 2.87
A-**--P[PSU] [2] N6 * O2 2.78 N1 * N3 2.60
A-*---g[M2G] [1] N1 * O6 2.67
C-**--C [1] O2 - N4 2.77
[5MU]t-**--a[1MA] [2] N3 - N7 2.96 O2 - N6 3.24
C-**--C [1] O2 - N4 2.77
A-**--U [3] OP2* O4 3.07 N7 - N3 2.81 N6 - O2 2.72
A-**+-U [2] N6 - O2 2.84 N1 - N3 2.98
Здесь пары A-U счиатются неканоническими, так как они взаимодействуют отлично от канонических пар. Пример канонической пары A-U: A-----U [2] N6 - O4 2.70 N1 - N3 2.80 - Связи, стабилизирующие третичную структуру тРНК:
(0.005) ....>B:.954_:[5MU]t-**--a[1MA]:.958_:B<.... (0.009) |
(0.044) ....>B:.955_:[PSU]P-**+-G[..G]:.917_:B<.... (0.009) x
(0.003) ....>B:.914_:[..A]A-**--U[..U]:.908_:B<.... (0.004) |
(0.005) ....>B:.915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948_:B<.... (0.006) x
(0.010) ....>B:.918_:[..G]G-----C[..C]:.956_:B<.... (0.003) +
Стекинг-взаимодействия.
Из файла 1f7v_old.out были получены данные о перекрывании пар оснований.
Нашли максимальное и минимальное значения. Для них в файле staking.pdb нашли структуры и с помощью команды
stack2img -cdolt *.pdb *.ps
получили изображения стекинг-взаимодействий.
Максимальное: tP/Ga (13.25)
Минимальное: PC/GG (0.00)
