Задание №1:
Результаты, полученные при помощи команды "einverted":
1F7VB: Score 38: 21/21 (100%) matches, 25 gaps
2 t-cctcgt--cccaa-gg-cacg--g--c--ctgg----c-t-c-g 36
| || || || | || || | | || | | | | |
71 aggg-gc----gg-t-cc--tg--ac--g--ga-c-t-agaa-gac 40
Со стандартными параметрами программа не находила коплементарных пар. Поэтому я изменила праметры:
Gap penalty: 1
Minimum score threshold:
Mismatch score: -2
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера | |
| Акцепторный стебель | 7 пар 5' 901-907 3' 5' 966-972 3' |
4 пары | 7 пар | |
| D-стебель | 4 пары 5' 910-913 3' 5' 922-925 3' |
1 пара | 2 пары | |
| T-стебель | 6 пар 5' 939-944 3' 5' 926-931 3' |
0 пар | 4 пары | |
| Антикодоновый стебель | 5 пар 5' 949-953 3' 5' 961-965 3' |
0 пар | 4 пары | |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 22 пары | 21 пара | 17 пар |
Изображение, полученное при помощи алгоритма Зукера и программе RNAfold:
Задание №2:
Посмотреть скрипт.| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 0 | 6 | 6 |
| остатками фосфорной кислоты | 8 | 11 | 19 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 5 | 14 | 19 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 0 | 0 |
| Итог: | 13 | 31 | 44 |
Популярная схема ДНК-белковых контактов,полученная с помощью программы nucplot.
Упражнение №3:
По-моему мнению, аминокислотным остатком(из цепи H белка) наиболее важным для распознавания последовательности ДНК является [ARG]409. Цепь H входит частью в большую бороздку, а выбранная аминокислота образует водородную связь с гуанином(T цепи днк).
