Практикум 4. Сигналы, мотивы, PWM
Полное название бактерии: Vibrio vulnificus (strain CMCP6)
Мнемоника организма: VIBVU
Количество аннотированных записей с ключевым словом "Purine biosynthesis": 12
AC генома: AE016795
| Идентификатор | Мнемоника | Название белка | Название гена | Координаты гена |
| Q8DA32 | PURT_VIBVU | Formate-dependent phosphoribosylglycinamide formyltransferase | purT VV1_2378 | complement(2413546..2414721) |
| Q8DF81 | PUR4_VIBVU | Phosphoribosylformylglycinamidine synthase, FGAM synthase, FGAMS, EC 6.3.5.3 | purL VV1_0340 | complement(324859..328752) |
| Q8DCU4 | PURA_VIBVU | Adenylosuccinate synthetase, AMPSase, AdSS, EC 6.3.4.4 | purA VV1_1299 | 1284270..1285586 |
| Q8DDD8 | PURK_VIBVU | N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide synthase, N5-CAIR synthase, EC 6.3.4.18 | purK VV1_1053 | complement(1055193..1056326) |
| Q8DD06 | PUR9_VIBVU | Bifunctional purine biosynthesis protein PurH | purH VV1_1227 | complement(1206350..1207942) |
| Q8DBC2 | PUR5_VIBVU | Phosphoribosylformylglycinamidine cyclo-ligase, EC 6.3.3.1 | purM VV1_1900 | complement(1895439..1896479) |
| Q8DDD7 | PURE_VIBVU | N5-carboxyaminoimidazole ribonucleotide mutase, N5-CAIR mutase, EC 5.4.99.18 | purE VV1_1054 | complement(1056330..1056815) |
| Q8D915 | PUR7_VIBVU | Phosphoribosylaminoimidazole-succinocarboxamide synthase, EC 6.3.2.6 | purC VV1_2797 | 2856450..2857553 |
С помощью descseq были вырезаны 100 нуклеотидные upstream участки.
Затем командой "cat *.seq > upstream.fasta" поместили их в один fasta-файл.
Выполнив команду "ememe -dataset upstream.fasta -outdir upstream -nmotifs 3 -revcomp",
получили 3 мотива в папке upstream.
Ссылка на полученный результат: meme.html
Первый мотив: 
Второй мотив: 
Третий мотив: 
У всех мотивов E-value > 0.001. Лучше всего представлен первый мотив - в 7 последовательностях из 8.
© Гурылева Мария Вячеславовна 2016