Практикум 7. Реконструкция эволюции доменной архитектуры
AC: PF09240
ID:IL6Ra-bind
Функция домена:Члены этого семейства принимают структуру, состоящую из бета-сэндвича с иммуноглобулином, с семью
нитями в двух бета-листах, в топологии греческого ключа. Они необходимы для связывания с цитокином Интерлейкин-6.
Ссылка в PFAM.
Ссылка на проект с выравниванием из Pfam(Full) в JalView
Данный домен встречается в 690 последовательностях(102 вида) и входит в 18 архитектур. Из них было выбрано две архитектуры:
За 1 обозначим однодоменную архитектуру, за 2 - двудоменную, включающую домены: PF09240 и PF00041
С помощью скрипта swisspfam_to_xls.py была составлена сводная таблица с последовательностями, содержащими данный домен.
Команда: python swisspfam-to-xls.py -z -i /srv/databases/pfam/swisspfam.gz -p PF09240 -o PF09240.xls
Был составлен списко последовательностей с указанием доменной архитектуры,где строки – AC последовательностей, столбцы – домены Pfam.
Для получения таксономической принадлежности был исплользован: Uniprot -> Retrieve и скрипт: uniprot_to_taxonomy.py
Команда: python uniprot-to-taxonomy.py -i retrive.txt -o taxonomy.xls
Сводная таблица
Затем был выбран таксон: Euteleostomi, и два подтаксона: Archelosauria и Mammalia.
Отобранные последовательности обозначены в сводной таблице "1".
Из их последовательностей было составлено множественное выравнивание в JalView, затем улучшили его.
Ссылка на проект выравнивания.
Раскраска СlustX c параметром By conservation = 20 помогает увидеть, что группа с однодоменнной архитектурой более консервативная.
Филогенетическое дерево последовательностей домена
Коды доменных архитектур были закодированы. Цифра обозначает принадлежность к 1 или 2 структуре соотвественно.
Буква M - Mammalia, A - Archelosauria.
Филогенетическое дерево домена было построено с помощью метода Neighbor joining(NJ) в программе MEGA.
Скобочная структура дерева: Tree_form.nwk
Как видно из изображения филогенетического дерева, домены не разделились полностью. Они также не разделились строго по таксонам.
Однако есть кластеры состоящие только из однодоменных архитектур и только из двухдоменных структур. Можно предположить,
что данные домены достаточно вариабельны. Возмонжо, это связано с их функцией в иммунной системе.
© Гурылева Мария Вячеславовна 2016