Практикум 8. HMM профль и ROC-кривая.
Для данного практикума был выбран домен PF00969 семейства MHC_II_beta.
database:(type:pfam id:PF00969) taxonomy:"Eutheria [9347]" AND reviewed:yes
Выданные результаты можно найт в таблице(лист SwissProt): otchet.xls
Из них выбрали первые 15 последовательностей и построили их выравнивание: 8align.fasta
( проект выравнивания )
Рисунок 1. Выраванивание отобранных последовательностей
Выравнивание покрашено с помощью ClustalX, By conservation = 30. Как видно из рис. 1 это очень консервативные участки.
Для этого выравнивания был построен и откалиброван профиль.
Используемые команды:
- hmm2build profile.out 8align.fasta
- hmm2calibrate profile.out
Затем был выполнен поиск по uniprot_sprot.fasta, где лежит БД SwissProt с помощью команды:
hmm2search -T 20 profile.out /srv/databases/emboss/data/uniprot/uniprot_sprot.fasta > search.out
Затем данные были записаны в таблицу(лист HMM), по которым была построенна гистограмма распределения весов и ROC-кривая.
Рисунок 2. Гистограмма распределения весов
Рисунок 3. ROC-кривая
Был выбран порог по весу: 410. Это значит, чтопри равно или большем весе, можно сказать, что последовательность принадлежит целевому семейству
Как мы видим, все показатели очень хорошие, что говорит о том, что профиль крайне специфичен и его можно считать достоверным.
Это также можно было сказать по площади под графиком ROC-кривой. Так как она почти единица, значит по Score можно предсказать класс почти абсолютно точно.
Возможно, это связано с функцией MHC_II_beta. Это главный комплекс гистосовместимости, который играет важнейшую роль в развитии иммунного ответа.
© Гурылева Мария Вячеславовна 2016