Практикум 11. Геномное окружение. База данных GO.
1. Получение информации о КОГе, к которому относится ваш белок
Для работы использовался белок, который был выдан вам для работы в 1 семестре: триозофосфатизомераза бактерии Flavobacterium psychrophilum. С помощью сервиса CDD (Conserved Domain Database) были найден хит, относящий выбранный белок к определенному КОГу.
| Идентификатор | COG0149 |
| Величина e-value | 2.32e-107 |
| Место обноружения КОГа | 1-248(из 250 ост-в) |
| Название КОГа | Триозофосфатизомераза (Triosephosphate isomerase) |
| Функциональная категория | Углеводный транспорт и обмен веществ (Carbohydrate transport and metabolism) |
2. Визуализация геномного окружения
С помощью сервиса COGNAT была получена информация геномного окружения для COG0149. Заданные параметры: Neighborhood size - 9, Occurence threshold - 20%, Taxonomy - нет. Консервативного геномного окружения не наблюдается во всех случаях. Полная информация доступна по ссылкe : cognat.pdf. Чать изображения приведена ниже(рис. 1).
3. Отнесение белка триозофосфатизомераза из Flavobacterium psychrophilum к терминам GO
С помощью сервиса AmiGO поиском BLAST по последовательности триозофосфатизомераза в БД GO была получена лучшая находка -
белок (E-value = 1.5e-58). На рисунке 2 приведено выравнивание нашего белка с лучшей находкой:
| Идентификатор GO | Аспект | Название термина | Перевод названия термина | Код типа достоверности |
| GO:0006096 | биологический процесс | glycolitic process | гликолитический процесс | ISS |
| GO:0004807 | молекулярная функция | triose-phosphate isomerase activity | триозофосфотазная активность | ISS |
- Код типа достоверности: ISS
- Расшифровка кода типа достоверности: Inferred from Sequence or structural Similarity
- Объяснение: Данный код присваивается в случае, когда аннотация выполнена вручную, присваивается, когда подтверждён несколькими различными методами.
© Гурылева Мария Вячеславовна 2016