Краткое описание генома бактерии Flavobacterium psychrophilum

Практикум 12. Трансмембранные белки.

1. База данных OPM

Название	STRA6 рецептор(с кальмодулином)	Белок, участвующий в деградации фенола
Идентификатор	5sy1	4rl8
Толщина гидрофобной части	30.8 ± 0.0 А	23.4 ± 1.1 A
Координаты трансмембранных спиралей	1( 36- 57), 2( 88- 107), 3( 120- 142), 4( 148- 170), 5( 181- 202), 6( 273- 295), 7( 343- 364), 8( 402- 429), 9( 452- 468)	1( 16- 24), 2( 47- 54), 3( 64- 73), 4( 90- 100), 5( 109- 118), 6( 136- 146), 7( 154- 162), 8( 182- 191), 9( 198- 204), 10( 225- 232), 11( 240- 2 45), 12( 258- 266)
Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали	18	12
В какой мембране находится белок	Эукариотическая плазматическая мембрана	Белок наружной мембраны грамотрицательных бактерий

Рисунок 1. STRA6 рецептор(слева); белок, участвующий в деградации фенола(справа) Красным цветом выделена p-сторона мембраны, синим - n-сторона.

2. Анализ предсказания трансмембранных спиралей

Предсказания осуществлялись для A-цепи белка 5sy1 с помощью сервисов TMHMM и Phobius. Результаты представлены на рис. 2 и 3, а также в текстовых файлах: TMHMM.txt и Phobius.txt. По осям X расположены координаты белка, а по осям Y - вероятности того, что участок белка относится к одной из следующих категорий: трансмембранный, внутренняя и наружная стороны.

Рисунок 1. Предсказание сервиса TMHMM для 5sy1

Рисунок 1. Предсказание сервиса Phobius для 5sy1

Phobius предсказал 10 трансмембранных спиралей:
(39-59), (89-110), (122-141), (148-166), (178-198), (275-298), (336-360), (409-438), (444-468), (489-510)
TMHMM также предсказал 10 трансмембранных спиралей:
(37-59), (88-107), (122-141), (148-167), (182-204), (276-298), (333-355), (415-437), (452-474), (487-509)
Обе программы предсказали 10 трансмембранных спиралей, однако в реальной структуре их 9. Ими была обнаружена спираль также в координатах 487-509(по TMHMM) и 489-510(по Phobius) Координаты, полученный с помощью сервисов, также отличаются от реальных, но незначительно.

3. База данных TCDB

В базе TCDB был найден только белок 4rl8. Он имеет TCID: 9.B.153.4.3.

9 - транспортные белки с неизвестной классификацией
9.B - Предполагаемые транспортные белки, с неустановленной функцией
9.B.153 - Предполагаемое семейство а-амилазы или пути деградации фенола ( The Putative Beta-Barrel Porin/Alpha Amylase or Phenol_MetA-deg (BBP/AA) Family)

<<< Назад

Главная страница.