Мини-обзор генома бактерии Escherichia albertii.
Введение
В данном мини-обзоре содержится информация об Escherichia albertii - открытом в 2003 году микроорганизме. В данным момент его систематическое положение таково:
Царство : Bacteria
Тип : Pseudomonadota
Класс : Gammaproteobacteria
Порядок : Enterobacterales
Семейство : Enterobacteriaceae
Род : Escherichia
Вид : Escherichia albertii[1]
Несмотря на то, что описано уже более 200 геномов штаммов этой бактерии, клиническое значение Escherichia albertii еще недостаточно хорошо изучено. Этот организм зоонозным патогеном человека и животных. Из-за сходства фенотипических и генотипических особенностей ее иногда принимают за энтеропатогенный штамм E.coli[2].
Заражение им происходит в условиях плохой гигиены посредством употребления зараженной воды и пищи. Результатом заражения является появление водянистой диареи у детей и людей с ослабленным иммунитетом.
Escherichia albertii была обнаружена также у домашних животных, в большей степени у птиц, из чего возможно сделать предположение, что птицы являются основным природным резервуаром этого штамма.
В процессе изучения генома этой бактерии были получены результаты, представление которых является целью данного мини-обзора. Были проведены исследования общего числа генов разных видов РНК и белков в геноме E.albertii, распределение длин белков и распределение длин белок-кодирующих последовательностей.
Материалы и методы
Нуклеотидная последовательность генома для анализа была взята из электронной библиотеки NCBI.
Для исследования общего числа генов РНК и белков в каждом репликоне, построения гистограммы длин белков и гистограммы распределения длин белок-кодирующих последовательностей были использованы инструменты Google Sheets.
Результаты
Число генов различных РНК и белок-кодирующих последовательностей
При исследовании числа генов различных типов РНК и числа генов белков было обнаружено, что весь генетический материал организма содержится в хромосоме и плазмиды не характерны для этого вида. Хромосома содержит как белок-кодирующие последовательности(CDS), так и гены различных типов РНК: нкРНК(12), рРНК(13), тмРНК(1), тРНК(75).
Гистограмма распределения длин белков
На основании данных таблицы особенностей генома E.albertii была построена гистограмма распределения длин белков. В соответствии с полученным результатом можно сделать вывод о том, что для этого вида не характерны длинные белковые последовательности.
Большинство белков имеет длину 300-400 аминокислот, менее многочисленными классами являются белки длиной 200-300 и 100-200 аминокислот. Наименьшими по числу белков являются классы 900 - 1000, 1000 - 1100, 1100 - 1200 и 1200 - 1300 аминокислот.
Распределение длин белок - кодирующих последовательностей(интервалов)
Данное исследование демонстрирует, что в геноме E.albertii нет белок-кодирующих последовательностей, превышающих по длине 9000 нуклеотидов. Было выявлено по одной последовательности в интервалах 8000 - 9000 нуклеотидов, 6000 - 7000 нуклеотидов, 4000 - 5000 нуклеотидов.
Большинство последовательностей (более 1500) имеют длину от 100 до 1000 нуклеотидов(относительно короткие последовательности).
Сопроводительные материалы
Google-таблица, по данным которой были получены сведения о геноме E.albertii:Лист protein_cds - таблица с белками
Лист RNA - таблица, содержащая информацию о РНК
Лист protein_len-hist - по данным листа была построена гистограмма распределения длин белков
Лист feature-interval_length - по данным этой таблицы была построена гистограмма распределения длин БЕЛОК-КОДИРУЮЩИХ последовательностей