Файл с результатами работы в виде проекта программы Jalview:
pr12.jvp.
Для выполнения заданий данного практикума была взята аминокислотная последовательность белка Pyrimidine operon attenuation protein/uracil phosphoribosyltransferase из
организма бактерии Gordonibacter pamelaeae 7-10-1-b (идентификатор в базе данных RefSeq YP_007803476.1 - старый, WP_015540426 - новый).
Данная последовательность доступна в формате
fasta.
1) Поиск гомологов белка при помощи PSI-BLAST.
Таблица 1. Сравнение итераций программы PSI-BLAST.
| Номер итерации |
Количество находок |
Количество новых находок |
ID лучшей находки |
Score лучшей находки |
E-value лучшей находки |
ID худшей находки |
Score худшей находки |
E-value худшей находки |
| 1 |
181 |
- |
A5D172 |
63% |
211 |
1e-67 |
A5ULLO |
27% |
40 |
0.005 |
| 2 |
1182 |
1001 |
A5D172 |
63% |
270 |
5e-91 |
Q8FTD5 |
30% |
30 |
10 |
| 3 |
141 |
-860 |
Q28DHO |
18% |
39.9 |
0.007 |
P45040 |
25% |
30.1 |
9.8 |
| 4 |
1915 |
1774 |
A5D172 |
62% |
181 |
7e-56 |
A1S1K8 |
25% |
30.1 |
9.9 |
| 5 |
1918 |
3 |
Q43199 |
17% |
174 |
4e-53 |
B7U179 |
14% |
41.6 |
0.002 |
| 6 |
1918 |
0 |
A6UBS2 |
20% |
177 |
2e-54 |
Q60216 |
18% |
46.6 |
4e-05 |
Полученные последовательности в fasta-формате.
3) Построение множественного выравнивания с помощью программы muscle на сервере kodomo.
Было построено множественное выравнивание полученных 533 находок на сервере кодомо с помощью программы muscle (команда:
muscle -in seqdump.fasta -out result.fasta -maxiters 2).
Полученное выравнивание в формате fasta.
4) Построение множественного выравнивания типичных представителей данного семайства.
В данном задании было необходимо построить множественное выравнивание программой muscle уже не всех белков семейства, а специально отобранных.
При помощи опции Remove redundancy было выбрано 8 последовательностей, гомологичные по всей длине (query cover больше 76%) с E-value меньшем 1e-3.
Полученное выравнивание в fasta-формате.
5) Построение множественного выравнивания типичных представителей данного семайства.
При помощи программы mafft было построено множественное выравнивание тех же последовательностей.
Была использована команда: mafft 8.fasta > seq8.fasta.
6) Сравнение выравниваний.
Было проведено сравнение выравниваний. Для этого при помощи программы muscle было построено
выравнивание двух выравниваний (команда: muscle -profile -in1 8.fasta -in2 seq8.fasta -out s_m.fasta).
Полученное выравнивание в fasta-формате..
СПАСИБО ЗА ПРОСМОТР
© Мария Медведева