Внутренности белков и макромолекулярных комплексов
После загрузки структуры можно запустить первый скрипт (кнопка Cores), который покажет
гидрофобное ядро на фоне остовной модели белка. Второй скрипт (кнопка Surrounding)
покажет ядро в окружении других атомов белка. Третий скрипт (кнопка ProtDNA)
продемонстрирует плотность упаковки ядра внутри белка, постепенно расширяя область
поиска окружающих атомов.
Для продолжения нажмите кнопку Resume.
Текст скрипта 1 заданияТекст скрипта 2 заданияТекст скрипта 3 заданияТекст скрипта 4 задания
Данная страница посвящена гидрофобному ядру белка
(pyr mRNA-binding attenuation protein) из бактерии Gordonibacter pamelaeae 7-10-1-b. Номер ядра: core2.
Ядро представляет собой обращённые внутрь структуры белка гидрофобные концы аминокислот.
В данном белке оно включает 1178 атомов, что составляет 22,3% от общего числа атомов (5292, не считая молекулы воды).
Исследуется аминокислота 129 Tyr на цепи С. Первые атомы из окружения этой аминокислоты появляются на расстоянии 2 ангстрем (а).
Минимальное расстояние, на котором окружающие атомы белка полностью покрывают фенилаланин, составляет 6 а.
Видимо такое расстояние является характерным для атомов белка. Посмотрим, может ли вода находиться между атомами внутри белка.
Ван-дер-ваальсов радиус кислорода равен 1,4 ангстрема, длина связи между кислородом и волородом равна примерно 1
А. У водорода ван-дер-ваальсов радиус 1,2 ангстрема. В сумме около 3,6 А. Вычтем из 4А - радиусы азота (1,45) и углерода (1,85). Получается:
0,7 ангстрем. Следовательно воде не хватит места расположиться.
Исследовалось взаимодействие белка, имеющего идентефикатор 4TQR, с цепью ДНК.
Скрипт ProtDNA показывает ДНК-белковый комплекс. Представленный белок
- это Dpo4 ДНК-полимераза семейства Y. (ДНК-полимеразы - это один из многих видов белков, которые взаимодействуют с ДНК.)
В данном случае белок контролирует процесс синтеза мРНК на матрице ДНК, связываясь со специфичными участками ДНК. 4TQR обеспечивает
инициацию транскрипции или предотвращает её.