Рис 1. Структурная формула пирролизина
Пирролизин — это природная аминокислота, кодируемая генами некоторых метаногенных архей и входящая в состав некоторых ферментов метаболизма метана. Аминокислоте присвоен 22 номер, т к она была открыта последней в белке существующего в природе организма. Впервые пирролизин был описан в структуре монометилтрансферазы, запускающей монометиламиновый метоболизм в организме Methanosarcina barkeri. Впоследствии аминокислотные остатки, содержащие пирролизин, были также обнаружены в диметиламин- и триметиламинтрансферазах. В каждом из этих белков позиция пирролизина соответствовала кодону NAG/UAG (стоп-кадон). [1]
На запрос "annotation:(type:non_std pyrrolysine)" в UniProt всего найдено 90 белков, из них 29 проверены и имеют записи в SwissProt. Результаты поиска представлены в таблице.
82 представителя принадлежат организмам домена Archaea, отдел Euryarchaeota, а 8 - отделу Firmicutes домена Bacteria.
А на запрос "Pyrrolysine" в PubMed вышло 136 статей, из которых 25 обзора (review). [2] Находим статьи, у которых бесплатно доступен полный текст (Free full text). Таких вышло 59. Если усовершенствовать запрос, выполнив запрос "pyrrolysine [Title/Abstract] AND translation [Title/Abstract]", Pubmed выдаст 34 статьи, которые приведены в таблице в формате csv. [3]
По запросу "Pyrrolysine" PDB выдает 51 белок. Список этих белков приведён в таблице. Если усовершенствовать запрос следующим образо: заходим в "Refine Query with Advanced Search" → "Chemical ID(s): PYL" → "Polymeric type: Polymeric". то есть, мы получим все структуры, содержащие пирролизин в своей цепи. [4] Их всего две: 1NTH и 1L2Q. Оба белка являются монометиламин метилтрансферазами (mtmB), принадлежащими архее Methanosarcina barkeri. Результат можно посмотреть здесь.
Ссылки:
СПАСИБО ЗА ПРОСМОТР
© Мария Медведева