Результат выполнения заданий представлен в jvp-формате.
Раскраска гомологичных участков с помощью Jalview (Jalview 2.8.2)
Для поиска гомологичных участков в последовательностях белков из одного семейства были использованы два типа раскраски: BLOSUM62 и ClustalX. В первом случае закрашиваются абсолютно консервативные колонки. Если в вертикальном блоке встречаются атомы, близкие по структуре, они закрашиваются более бледным цветом. (Рис.1).
Раскраска ClustalX ориентирована в большей степени на функциональную консервативность аминокислот. Поэтому одним цветом может закрашиваться колонка, содержащая различные аминокислоты, но схожие по свойствам. (Рис.2).
Поиск гомологии
В выравнивании можно выделить несколько участков, отвечающих определению вертикального блока. Они находятся на позициях 5-15, 25-28, 47-54.
Кластер блоков - участок выравнивания, на котором можно ожидать гомологию между любыми двумя аминокислотами, расположенными в одной колонке. Кластер, в отличие от блока, может содержать гэпы. Два блока объединяются в кластер вместе с участком между ними, если все гэпы между этими блоками имеют длину, равную длине участка между ними. В моём выравнивении я не обнаружила ни одного кластера.
Также на рисунке 3 в строке разметки "Blocks and Clusters" буквой X обозначен самый длинный участок выравнивания, не входящий в состав блоков и кластеров. (Рис.3).
На участке 30-40 видно явное сходство белков STAAC и MACCT и в то же время их отличие от остальных белков. (Рис4).
Оценка родственности белков
Считая количество гомологичных вертикальных блоков, говорят о родственности белков и степени их родства или их неродственности.
| Сравнение выравниваний родственных и заведомо негомологичных белков | ||||
| Позиции выравнивания | Для кластера | % | Для выравнивания с thyX | % |
| абсолютно консервативные | 5 | 20,8 | 0 | 0,0 |
| консервативные на 70% | 9 | 37,5 | 10 | 11,5 |
| абсолютно функционально консервативные | 12 | 50,0 | 5 | 5,7 |
| функционально консервативные на 70% | 16 | 66,7 | 24 | 27,6 |
Добавление в выравнивание последовательности
В исходное выравнивание была добавлена последовательность sequence_04.fasta с идентификатором THETN. Затем последовательность была вручную вписана в выравнивание с наибольшим возможным количеством значимых позиций.
Добавление заведомо негомологичной последовательности
Добавленная заведомо негомологичная последовательность: первые 88 аминокислотных остатков последовательности белка Pyrimidine operon attenuation protein/uracil phosphoribosyltransferase бактерии Gordonibacter pamelaeae 7-10-1-b.(идентификатор - D6EBI6). После перевыравнивания программой Muscle можно увидеть некоторое количество консервативных колонок, некоторые из которых даже складываются в "блоки". (Рис6).
"выравнивание" заведомо негомологичных (не родственных) белков
Строим множественное "выравнивание" заведомо негомологичных белков, взятых у моих однокурсников:
Мне удалось выделить 1 участок с наибольшей концентраций функционально консервативных колонок
Рис7.
СПАСИБО ЗА ПРОСМОТР
© Мария Медведева