В банке PDB была найдена подходящая структура с pdb-кодом 5OWI, полученная методом ЯМР и содержащая 2 цепи (А и В) и 10 моделей.


Рисунок 1. Структура белка с pdb-кодом 5OWI.

Было построено изображение молекулярной поверхности для полной структуры белка на фоне cartoon модели белка (Рис. 2).


Рисунок 2. Молекулярная поверхность белка 5OWI.


Рисунок 3. Белок 5OWI, все модели.

Для каждой модели было вычислено значение площади молекулярной поверхности и поверхности, доступной для растворителя (Рис. 4). График зависимости площади поверхности, доступной для растворителя, от площади молекулярной поверхности тоже представлена (Рис. 5).


Рисунок 4. Значения площади поверхности, доступной для растворителя, и площади молекулярной поверхности для каждой модели белка 5OWI.


Рисунок 5. График зависимости площади поверхности, доступной для растворителя, от площади молекулярной поверхности.

На рис. 5 хоть и наблюдается очень слабая положительная зависимость поверхности, доступной для растворителя, от площади молекулярной поверхности, т е чем больше площадь молекулярной поверхности, тем больше площадь поверхности, доступной для растворителя, разброс в данных очень велик.

Также были выделены остатки, отвечающие за межцепочечные контакты. На основе выделенных остатков были построены фрагменты поверхностей межцепочечных контактов (Рис. 6) по скрипту:

create chA, byres chain A and 5OWI_0001 and (chain B around 3.5)
create chB, byres chain B and 5OWI_0001 and (chain A around 3.5)
show surface, chA
show surface, chB
set surface_color, blue, chA
set surface_color, red, chB
set transparency, 0.4


Рисунок 6. Поверхность контакта двух субъединиц в белку 5OWI.


Рисунок 7. Поверхность контакта двух субъединиц в белку 5OWI. Контактирующие остатки из разных субъединиц выделены цветами соответствующих цепей.