|
В банке PDB была найдена подходящая структура с pdb-кодом 5OWI, полученная методом ЯМР и
содержащая 2 цепи (А и В) и 10 моделей.
![](1.bmp)
Рисунок 1. Структура белка с pdb-кодом 5OWI.
Было построено изображение молекулярной поверхности для полной структуры белка на фоне cartoon модели
белка (Рис. 2).
![](2.jpg)
Рисунок 2. Молекулярная поверхность белка 5OWI.
![](3.jpg)
Рисунок 3. Белок 5OWI, все модели.
Для каждой модели было вычислено значение площади молекулярной поверхности и поверхности,
доступной для растворителя (Рис. 4). График зависимости площади поверхности, доступной для растворителя,
от площади молекулярной поверхности тоже представлена (Рис. 5).
![](4.bmp)
Рисунок 4. Значения площади поверхности, доступной для растворителя, и площади молекулярной поверхности
для каждой модели белка 5OWI.
![](5.bmp)
Рисунок 5. График зависимости площади поверхности, доступной для растворителя, от площади молекулярной поверхности.
На рис. 5 хоть и наблюдается очень слабая положительная зависимость поверхности,
доступной для растворителя, от площади молекулярной поверхности, т е чем больше площадь молекулярной поверхности, тем больше
площадь поверхности, доступной для растворителя, разброс в данных очень велик.
Также были выделены остатки, отвечающие за межцепочечные контакты.
На основе выделенных остатков были построены фрагменты поверхностей межцепочечных контактов (Рис. 6) по скрипту:
create chA, byres chain A and 5OWI_0001 and (chain B around 3.5)
create chB, byres chain B and 5OWI_0001 and (chain A around 3.5)
show surface, chA
show surface, chB
set surface_color, blue, chA
set surface_color, red, chB
set transparency, 0.4
![](4.jpg) ![](5.jpg)
Рисунок 6. Поверхность контакта двух субъединиц в белку 5OWI.
![](6.jpg)
Рисунок 7. Поверхность контакта двух субъединиц в белку 5OWI. Контактирующие остатки из разных субъединиц выделены цветами соответствующих цепей.
|