Описание Эндоглюканазы E1 из генома бактерии Cidothermus cellulolyticus 11B.
Изучение информации о белке.
На сайте NCBI была получена основная информация о белке. Данные приведены в таблице 1.
| Идентификатор белка | ABK52387.1 |
|---|---|
| Идентификатор генома | CP000481.1 |
| Название белка | Эндоглюканаза E1 |
| Координаты гена в геноме | 653210..654898 |
| Длина гена (п.н.) | 1689 |
| Цепь | прямая |
| Длина белка (а.о.) | 562 |
При помощи идентификатора моего белка я нашла все необходимые данные на сайте NCBI. Для удобства последовательность была сохранена в формате FASTA.
Эндоглюканазы - это один из типов целлюлаз. Эти ферменты гидролизуют связи в молекуле целлюлозы и некоторых ее растворимых производных (карбоксиметил-, гидроксиэтилцеллюлоза и др.) неупорядоченным способом, образуя набор поли- и олигомерных фрагментов различной длины. Этот фермент может быть нужен бактерии для расщепления целлюлозы, чтобы использовать энегрию ее химических связей в своих целях.
Геномное окружение гена белка.
При помощи иднтификатора гена, содержащего интересующий меня белок, и координат расположения белка на сайте NCBI я нашла и скачала изображение с геномным окружением Эндоглюканазы Е1. На рисунке 1 приведена полученная информация.
Благодаря этому практикуму я научилась пользоваться геномным браузером и искать некоторую необходимую информацию о белке и его последовательности.