Классификация: Гидролаза
Организм: Холерный вибрион серотипа О1
PDB ID: 4BEU
| # | Имена атомов | Длина связи (Å) | Угол N-O-C (°) |
|---|---|---|---|
| α-спираль | |||
| 1 | N(249LEU)-O(245SER) | 3,26 | 156,1 |
| 2 | N(214ARG)-O(210ALA) | 2,94 | 151,3 |
| 3 | N(215ALA)-O(211ASP) | 3,09 | 151,1 |
| β-тяжи | |||
| 4 | N(280SER)-O(046GLU) | 2,94 | 155,5 |
| 5 | N(044TRP)-O(282LYS) | 2,97 | 163,8 |
| 6 | N(313ASN)-O(287SER) | 2,89 | 161,3 |
По полученным данным, средний угол (N-O-C) равен 154,85°. По литературным данным, обычно, валентная связь донора прямо смотрит на тот акцептор, с которым водородная связь образуется (т.к. атом H в O-H очень маленький за счет оттянутой электронной плотности). Отклонение от 180° обычно не превышает 20-30°. В нашем случае отклонение 25,15°, что согласуется с научными данными.
Расстояние между атомами O и/или N приблизительно 3Å (например, во льду между ними ровно 2,8Å). Такое расстояние соответсвует оптимальному Ван-дер-Ваальсову расстоянию между этими атомами. В кристаллах малых молекул расстояние между данными атомами 1,8-2,1Å. Средняя длина исследуемых мной водородных связей равна 3,015Å и вполне сочетается с общепринятыми данными.
Источники: