Множественное выравнивание

Этот практикум был посвящен работе с множественным выравниванием. Поиску в этом выравнивании консервативных блоков.

Для получения множественного выравнивания я использовала Pfam. Я выбрала домен CBM_2, в архитектурах этого домена выбрала одну (рисунок 1) и взяла 9 белков и построила их множественное выравнивание при помощи программы Jalview.

Архитектура белка.

Рисунок 1.

В полученном выравнивании (рисунок 2) я выделила 18 блоков. Ни один из выделенных мной блоков не консервативен на 100%. Почти все консервативные блоки близко друг к другу расположены. Но, начиная с 15, блоки находятся на некотором расстоянии друг от друга. Самый длинный блок, который я выделила, длиной 86 аминокислот (377-462). В данном выравнивании получилось очень много консервативных колонок, следовательно и консервативных блоков. В итоге не трудно сделать вывод, что все эти белки гомологичны.

Проект с самим выравниванием можно скачать по ссылке.

Множественное выравнивание с блоками.

Рисунок 2.