Филогенетическое дерево

В этом практикуме требовалось выбрать из списка несколько бактерий и, основываясь на данном сходном филогенетическом дереве построить дерево для выбранных бектерий.

Выбранные бактерии

В таблице 1 пердставнлены выбранные мной бактерии.

Таблица 1. Выбранные бактерии.

Название	Мнемоника
Clostridium botulinum	CLOBA
Clostridium tetani	CLOTE
Enterococcus faecalis	ENTFA
Lactobacillus acidophilus	LACAC
Listeria monocytogenes serovar 1/2a	LISMO
Staphylococcus aureus	STAAR
Staphylococcus epidermidis	STAES
Streptococcus pyogenes serotype M1	STRP1

Скобочная формула дерева

((CLOBA, CLOTE), ((LISMO, (STAES, STAAR)), (ENTFA, (LACAC, STRP1))));

Изображение дерева

На рисунке 1 изображено филогенетическое дерево выбранных мной бактерий.

Рисунок 1.

Нетривиальные ветви

• {STAES, STAAR} vs {LISMO, ENTFA, LACAC, STRP1, CLOBA, CLOTE}
• {STAES, STAAR, LISMO} vs {ENTFA, LACAC, STRP1, CLOBA, CLOTE}
• {STAES, STAAR, LISMO, CLOBA, CLOTE} vs {ENTFA, LACAC, STRP1}
• {STAES, STAAR, LISMO, CLOBA, CLOTE, ENTFA} vs {LACAC, CTRP1}
• {STAES, STAAR, LISMO, ENTFA, LACAC, STRP1} vs {CLOBA, CLOTE}

Реконструкция филогении

Таксономия

С помощью таксономического сервиса NCBI я определила к каким таксонам относятся выбранные мной бактерии. Полученные ланные представлены в таблице 2.

Таблица 2. Таксономия выбранных бактерий.

Название	Мнемоника	Таксономия
Clostridium botulinum	CLOBA	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
Clostridium tetani	CLOTE	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Clostridia; Clostridiales; Clostridiaceae; Clostridium
Enterococcus faecalis	ENTFA	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Enterococcaceae; Enterococcus
Lactobacillus acidophilus	LACAC	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Lactobacillaceae; Lactobacillus
Listeria monocytogenes serovar 1/2a	LISMO	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Listeriaceae; Listeria; Listeria monocytogenes
Staphylococcus aureus	STAAR	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Staphylococcus epidermidis	STAES	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Staphylococcaceae; Staphylococcus
Streptococcus pyogenes serotype M1	STRP1	cellular organisms; Bacteria; Terrabacteria group; Firmicutes; Bacilli; Lactobacillales; Streptococcaceae; Streptococcus; Streptococcus pyogenes

Более наглядно таксономия показана на рисунке 2.

Рисунок 2.

Нетривиальные ветви и таксоны, которые они отделяют:

• {STAES, STAAR} vs {LISMO, ENTFA, LACAC, STRP1, CLOBA, CLOTE} - отделяет таксон Staphylococcaceae
• {STAES, STAAR, LISMO} vs {ENTFA, LACAC, STRP1, CLOBA, CLOTE} - отделяет таксон Bacillales
• {STAES, STAAR, LISMO, CLOBA, CLOTE} vs {ENTFA, LACAC, STRP1} - отделяет таксон Lactobacillales
• {STAES, STAAR, LISMO, CLOBA, CLOTE, ENTFA} vs {LACAC, CTRP1}
• {STAES, STAAR, LISMO, ENTFA, LACAC, STRP1} vs {CLOBA, CLOTE} - разделяет Bacilli и Clostridia

---