GO Enrichment Analysis
1. Мой файл с ID называется list19.txt
и содержит 11 ID: ACOT2, ACOT4, ACSBG1, ACSBG2, ACSL1, ACSL3, ACSL4, ACSL5, ACSL6, MEIKIN, SLC27A2.
2. В поиске участввали все 11 ID.
3. Всего в выдаче оказалось 15915 GO terms, а значимых результатов
с FDR P < 0.05 получилось всего 94.
4. Список самых значимых GO terms: GO:0001676, GO:0035383, GO:0006637,
GO:0035338, GO:0033865, GO:0033875, GO:0034032, GO:0035336, GO:0006631, GO:0046949.
5. На рисунке 1 изображен граф, на котором отмечены 5 самых значимых GO terms.
Рисунок 1.
6. Граф получился очень большим. Исходя из него можно сделать вывод,
что лучшие GO terms участвуют в превращениях Ацетил-КоА, длинноцепочечных жирных кислот и
нуклеозид би(ди)фосфатов. GO term, отвечающий за превращения длинноцепочечных жирных кислот,
стоит отдельно от массива метаболических процессов, отвечающие за превращения
Ацетил-КоА и нуклеозид бифосфатов и в которые входят остальные GO terms. Все взиамоотношения
в этом графе указаны непосредственно.
7. Я могу сделать предположение, что белки, чьи ID представлены в списке, все, тем или
иным способом, участвуют в превращениях Ацетил-КоА. Я сделала такой вывод, исходя из того,
что наилучшие находки GO terms все напиямую ии косвенно связаны с превращениями этого вещества.
String
1. На рисунке 2 представлен граф, полученнный из моих ID с помощью сервиса String. Для ID MEIKIN не было найдено белка в Homo sapiens и, следовательно, его нет в графе.
Рисунок 2.
2. Для всех узлов показано наличие 3D-структур.
3. Между каждой парой узлов данного графа наблюдается 2 и более типа взаимодействий. 3 узла связаны
генетическим соседством (зеленые связи), все узлы предстваленного графа связаны
через textmining (желтенькие связи). Большинство узлов звязаны известными взаимодейсвиями:
некоторые взаимодествия получены эксперементально (бирюзовые связи), некоторые из
баз данных (фиолетовые связи), а некоторые из обоих источников. Также многие белки
тут являются гомологами (голубой цвет), для многих совместно возникли гены (синий цвет) и многие
коэкспрессируются (черный цвет). Тем не менее не наблюдается ни одного слияния генов
(красные связи).
4. ID из данного списка достаточно консервативны. Из рисунка 3 можно сделать вывод,
что они достаточно слабо представлены во многих царствах (почти белый и бледно розовый).
Несколько похожие последовательности представлены у Viridiplantae, Stramenopiles, Alveolata.
Что касательно Opisthokonta, близкие последовательности некоторых белков встречаются во
всех группах, входящих в Euteleostomi. Для остальных белков близкие последовательности
начинают встречаться уже ближе к Homo sapiens.
Рисунок 3.
5. У Homo sapiens наблюдается коэкспрессия всего лишь трех пар белков (ACOT4 и ACOT2, ACSL6 и ACSBG1, ACSL1 и ACSL5) и то с низком уровнем уверености (цвет бледный). В других организмов с низким уроовнем уверенности коэкспрессирутся многие белки, со средним уровнем уверенности коэкспрессируется две пары белков: ACOT4 и ACOT2, SLC27A2 и ACSL1. Коэкспрессия белков, наблюдающаяся у Homo sapiens, также наблюдается и в других организмах. Более подробная информация представлена на рисунке 4.
Рисунок 4.