Мембранные белки.
Отопетрины - семейство белков, которые были вперые обнаружены на основе их существенной роли в вестибуляной системы и названы в честь греческого слова "отос", означающего ухо, и "Петра", которое означает камень, т.к. эти белки связаны с образованием отолитов во внетреннем ухе. Однако, эти белки экспрессируются во многих тканях, включая вкусовые рецепторы. Эти белки образуют протон-селективные ионные каналы. Я выбрала белок отопетрин-1 (Otop1). Он является протонселективным. Кроме того, Otop1 необходим для протонных токов в мышиных клетках, которые обнаруживают кислый вкус и являются вероятными рецепторами кислого вкуса. Этот белок также экспрессируется в бурой и белой жировой ткани и играет роль в устойчивости к инсулину.
FASTA последовательность белка можно скачать по ссылке.
Далее я воспользовалась сервисом TMHMM, чтобы предсказать трансмембранные участки данного белка. Ниже и на рисунке 1 представлена выдача TMHMM.
# 6NF4_1|Chains Length: 587 # 6NF4_1|Chains Number of predicted TMHs: 10 # 6NF4_1|Chains Exp number of AAs in TMHs: 223.07822 # 6NF4_1|Chains Exp number, first 60 AAs: 5.16762 # 6NF4_1|Chains Total prob of N-in: 0.96678 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 inside 1 54 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 TMhelix 55 77 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 outside 78 86 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 TMhelix 87 106 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 inside 107 126 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 TMhelix 127 149 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 outside 150 158 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 TMhelix 159 181 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 inside 182 192 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 TMhelix 193 215 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 outside 216 258 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 TMhelix 259 281 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 inside 282 304 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 TMhelix 305 327 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 outside 328 341 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 TMhelix 342 364 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 inside 365 516 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 TMhelix 517 539 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 outside 540 553 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 TMhelix 554 572 6NF4_1|Chains TMHMM2.0 inside 573 587
Как можно заметить, для данного белка было предсказано 10 трансмембранных участков. Видимо, присутствуют внутриклеточные участки.
Рисунок 1.
Визуализация расположения белка в мембране представлена на рисунке 2. Красная граница обозначает внешнюю сторону мембраны, а синяя - внутренюю.
Рисунок 2.