Pymol.
Адренорецепторы - это рецепторы, которые встроены в цитоплазматическую мембрану клетки. Эти рецепторы чувствительны к адреналину и норадреналину. Адренорецепторы относятся к семейству рецепторов, сопряженных с G-белком. Это трансмембранные белки, выполняющие функцию активаторов внутриклеточных путей передачи сигнала, которые в итоге приводят к клеточному ответу.
β2-адренорецепторы - один из подтипов адренорепторов. Такие рецепторы чувствительны только к адреналину.
В данном практикуме я рассматривала β2-адренорецептор, присутствующий в организмах homo sapiens и Escherichia virus T4, в который было внесено 7 мутаций (гены: E, T4Tp126, ADRB2, ADRB2R, B2AR). Этот β2-адренорецептор ковалентно связан R9 белком из организма Lama glama. Также с этой молекулой было связано два лиганда.
Первый лиганд Na+. Я не стала рассматривать его в данном практикуме, т.к. связь с ним очевидно ионная.
Второй лиганд это 4-[(1R)-1-hydroxy-2-({2-[3-methoxy-4-(2-sulfanylethoxy)phenyl]ethyl}amino)ethyl] benzene-1,2-diol. Тривиального названия у него нет. Брутто формула C19H25NO5S.
Рисунок 1.
На рисунке 1 изображены лиганд C19H25NO5S (зеленый цвет), фрагмент β2-адренорецептора (серый цвет) и предполагаемые связи между ними. Красным цветом обозначены атомы кислорода, а синим - азота. Желтым цветом обозначены водородные связи. С помощью них лиганд взаимодействует с двумя серинами и с аспарагином адренорецптора. Розовым цветом обозначены связи с ароматическими кольцами. Через них лиганд соединен с фенолом и триптофаном адренорецептора.
Сессию в pymol можно скачать по ссылке.