Поиск гомологов белка

Параметры, которые были использованы при запуске BLAST:

База данных: Swissprot

Алгоритм: blastp

Параметры алгоритма

Максимальное число выдаваемых находок: 100

E-value: 0.05

Длина слова: 5

Матрица: BLOSUM62

Штраф за открытие гэпа — 11, за продление — 1

  • Текстовая выдача программы
  • Проект в Jalview

    • Поиск гомологов зрелого вирусного белка

    Был выбран вирус лихорадки Рифт-Валли

    ID вируса: GP_RVFV

    AC вируса: P03518; Q86494; Q86495

    Название вируса: Rift valley fever virus (RVFV)

    Был выбран 1 из 4-х зрелых белков, Glycoprotein N, с координатами 154-690

  • Последовательность зрелого белка
    • Параметры, которые были использованы при запуске BLAST:

    База данных: Swissprot

    Алгоритм: blastp

    Параметры алгоритма

    Максимальное число выдаваемых находок: 100

    E-value: 0.05

    Длина слова: 3. При длине слова 5 было получено 4 результата.

    Матрица: BLOSUM62

    Штраф за открытие гэпа — 11, за продление — 1

    Было получено 8 находок.

  • Текстовая выдача BLAST
  • Проект в Jalview

    • Скорее всего, все выбранные белки гомологичны. Однако с наибольшей уверенностью это иожно сказать о вирусе Пунта Торо и, неудивительно, о 2-х штаммах вируса Рифт-Валли.

    Исследование зависимости E-value от объёма банка

    В результате применения фильтра по организмам E-value поменялось у всех находок (кроме тех, для которых значение было 0.0).

    Для сравнения возьмём E-value вируса Бханджи. Без фильтра - 4е-15, с фильтром - 2e-16. Отсюда доля вирусных белков - 5%.