АС семейства: PF00084. Name: Sushi repeat (SCR repeat). Seed: 29. Full: 271845.
Функция домена: распознавать олигосахариды, а также защищать клетки от потенциальных повреждений, наносимых имунной системой организма.
| Таблица | Информация | Комментарии |
|---|---|---|
| AC pfam | PF00084 | - |
| ID pfam | Sushi repeat (SCR repeat) | - |
| #SEED | 29 | - |
| #ALL | 71k | - |
| #SW | 221 | |
| #architectures | 6168 | |
| #3D | 245 | - |
| Taxonomy | 5k | - |
| #eukaryota | 1661 | - |
| #archaea | 0 | - |
| #bacteria | 3 | - |
| Таблица | Информация | Комментарии |
|---|---|---|
| Выравнивание seed | 29 последовательностей и 87 колонок | - |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | {1}, {40}, {60}, {87} | - |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 1:C, 40:C, 60:C, 87:C | - |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) | Колонки: 1-4, Последовательности: 1-12; колонки 36-44, последовательности: 1-7 | В этих блоках содержание абсолютно консервативных колонок меньше желательного, однако большего содержания на выравнивании не обнаруживается. |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 43:YF | - |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | 8-10, 61-69 | - |
| Таблица | Информация | Комментарии |
|---|---|---|
| доменная архитпектура 1 | PF00084 | - |
| Белок с архитектурой 1 | PO1589 | - |
| доменная архитпектура 2 | PF00084-PF00084 | - |
| Белок с архитектурой 2 | PO1590 | - |
Рис. 1. Карта локального сходства
Выбор доменов, различающихся даже только наличием 3-х одинаковых доменов вместо 2-х, не давал подходящего результатат в BLASTp, поэтому были выбраны доменные архитектуры, наиболее близкие по структуре и по представляющим домены белкам. Карта представляет одну диагональную линию с тремя разрывами в первой половине и длинным непрерывным участком за ними.