Сравните выравнивания одних и тех же последовательностей программами Muscle, Tcoffy, Mafft

(9-10)=(9=10) (23-24)=(23-24)

Сравните выравнивания одних и тех же последовательностей Muscle, Mafft

(9-10)=(9=10) (23-24)=(23-24)

Построение выравнивания по совмещению структур и сравнение его с выравниванием программой MSA

Описание программы MSA - MAFFT

MAFFT — это программа множественного выравнивания. Разработана в 2002 году японским исследователем Кадзутака Като.

У программы есть ряд преимуществ:

1. Работает и с аминокислотными и с нуклеотидными последовательностями

2. Точность сопоставима с T-COFFEE

3. Чем длиннее последовательность, тем выигрышнее программа на фоне остальных

4. Есть возможность выбирать режимы в зависимости от задачи

Литература

[1] Katoh K., Misawa K., Kuma K., Miyata T. MAFFT: a novel method for rapid multiple sequence alignment based on fast F>