Для проведения глобального выравнивания программой needle были выбраны 3 пары белков, идентификатор одного из которых заканчивается на _ecoli, а другого - на _bacsu. Их идентификаторы начинаются на mete, nusb, 6pgd.
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase | METE_ECOLI | METE_BACSU | 1608.0 | 45.5% | 60.7% | 47 | 17 |
| Transcription antitermination protein NusB | NUSB_ECOLI | NUSB_BACSU | 204.5 | 37.3% | 57.0% | 14 | 6 |
| 6-phosphogluconate dehydrogenase | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1718.0 | 70.0% | 80.0% | 3 | 3 |
| Protein Name | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 5-methyltetrahydropteroyltriglutamate--homocysteine methyltransferase | METE_ECOLI | METE_BACSU | 1612.0 | 46.0% | 61.4% | 41 | 15 | 99.60% | 98.82% |
| Transcription antitermination protein NusB | NUSB_ECOLI | NUSB_BACSU | 207.5 | 40.0% | 61.6% | 9 | 4 | 87.77% | 90.84% |
| 6-phosphogluconate dehydrogenase | 6PGD_ECOLI | 6PGD_BACSU | 1719 | 70.1% | 83.6% | 3 | 3 | 99.78 | 99.79 |
Белки 6PGD_ECOLI и 6PGD_BACSU скорее всего гомологичны по всей длине, у других двух схожесть значительно ниже, что может свидетельствовать о том, что пары белков гомологичны участками, которых, однако, может быть немало. Значения при глобальном и локальном выравнивании почти не разнятся, что может означать доволно высокую гомоогичность выбранных последовательностей.
| Выравнивание | ID 1 | ID 2 | Score | % Identity | % Similarity | Gaps | Indels | Coverage 1 | Coverage 2 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Глобальное | 6PGD_ECOLI | CGEA_BACSU | 43.5 | 6.9% | 10.4% | 357 | 9 | - | - |
| Локальное | 6PGD_ECOLI | CGEA_BACSU | 46.0 | 21.8% | 35.5% | 34 | 6 | 20.51 | 88.72 |
В данном случае можно белки, скорее всего, не являются гомологичными. К тому же сильно различаются по длине, что отразилось на разнице показателей при локальном и глобальном выравнивании.
С мнемоникой METE нашлось 75,974 результатов.
Использовалось выравнивание Mafft, with default settings
Для выравнивания было выбрано 7 белков с мнемоникой mete: _ecoli, _canal, _mettm, _bascu, _alifm, _alkeh, _cupnh.
По результатам выравнивания видно, что _mettm сильно выбивается из общего ряда, гомология прослеживается на малом количестве участков. В остальном сложно судить о большей или меньшей схожести остальных белков.
Проект Jalwiew 9<>