Взаимодействия в белках

Примеры водородных связей показаны на Рисунках 1 (между атомами остова) и 2 (между атомами радикалов серина и аспартата).

hydrogen_main — Рис. 1. Водородная связь между основной цепью Tyr-271 и Ile-275.

hydrogen_side — Рис. 2. Водородная связь между боковыми радикалами остатков Asp-240 и Ser-242.

Солевой мостик между положительно заряженным азотом лизина и отрицательно заряженным кислородом аспартата продемонстрирован на Рисунке 3 (лизин почему-то не протонировался, хотя я использовала сервис протонирования с параметром pH 7,5). На Pисунке 4 можно увидеть Т-стэкинг между перпендикулярно расположенными ароматическими кольцами фенилаланина и триптофана.

salt_bridge — Рис. 3. Солевой мостик между Asp-148 и Lys-150.

stacking — Рис. 4. Т-стэкинг между Phe-95 и Trp-96.

Дисульфидных мостиков в данном белке нет, в доказательство на Рисунке 5 выделены все цистеины.

cysteins — Рис. 5. Все цистеины в структуре 7FRL.