Анализ записи 7FRL в базе данных PDB и визуализация с помощью PyMOL
Структура 7FRL представлена единственной белковой цепью, которая и составляет биологическую единицу (см. Рисунок 1). Это белок человека (Homo sapiens) с названием PTN1_HUMAN и uniprot_id P18031. Данный белок регулирует реакции стресс-ЭПР, участвуя в сигнальных путях в качестве протеин-фосфатазы, и, согласно статье, опубликовавшей структуру, является мишенью при лечении диабета, рака и нейродегенеративных заболеваний. Относительно референса из базы данных Uniprot молекула, для которой была определена структура, несет две внесенные человеком (engineered) мутации: замена цистеина на серин в 32-ой позиции и цистеина на валин в 92-ой. Можно предположить, что таким образом был сконструирован белок, не несущий дисульфидного мостика и поэтому пригодный для экспрессии в Escherichia coli.
По Рисунку 2 видно, что PTN1 содержит восемь альфа-спиралей и один обширный бета-лист. Могу предположить, что данный белок можно охарактеризовать как α+β.
Модифицированные аминокислотные остатки (файл):
Эта структура была определена в присутствии двух малых молекул: 1-(3,4-dimethoxyphenyl)methanamine (JHD) и 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL (TRS); ссылка на файл с соответствующими строками pdb-файла. Данные соединения были добавлены при кристаллизации для изучения возможностей аллостерической регуляции белка и являются фрагментами потенциальных лекарств-ингибиторов PTN1. Рисунки 3 и 4 показывают белковое окружение JHD (положение лейцина-233 не было определено однозначно) и TRS соответственно.
