Чтобы выбрать белок моей бактерии, я нашла Taxonomy ID Achromobacter xylosoxidans в Taxonomy Browser, затем использовала этот идентификатор в поле Taxonomy в расширенном поиске по UniProtKB. На выходе я получила 18 записей в Swiss-Prot и 36421 — в TrEMBL. В рассчете на более-менее полную аннотацию, я выбрала одну из первых находок, лежащую в Swiss-Prot и имеющую код доступа P81445. К тому же, по моему мнению, этот белок имеет интересную функцию, восстанавлия нитрит до оксида азота (II) и, по-видимому, участвуя в процессе диссимиляционного восстановления нитрата (в ключевых словах упоминается ассимиляция нитрата, но в названии референсной статьи под RN [2] нитритредуктаза названа диссимиляционной).
Предполагаю, что рекомендуемое название белка Copper-containing nitrite reductase можно перевести как "медьсодержащая нитритредуктаза". Как было сказано выше, его функция состоит в восстановление нитрита до оксида азота (II). При этом в качестве донора электрона используется цитохром c. Эта нитритредуктаза функционирует в виде гомотримера и из кофакторов содержит ион меди (II) (связывается двумя субъединицами тримера и участвует в формировании активного центра), ион меди (I) (связан остатками одного мономера) и FAD (хотя в разделе FT сайты его связывания не обозначены). Мономер состоит из двух доменов: пластоцианинподобного 1 и пластоцианиподобного 2.
Судя по тому, что референсные статьи и записи во внешних базах данных, на которые имеются ссылки (нет ссылок на записи в ENA (EMBL) и GenBank), несут информацию только о самом белке, но не о его гене, последовательность медьсодержащей нитритредуктаза была определена с помощью рентгеноструктурного анализа и других экспериментальных методов, а ссылки на сведения о гене позднее добавлены не были, хотя полный геном Achromobacter xylosoxidans
Так как исследуемый белок является частью метаболического пути, представленного далеко не у всех бактерий, можно предположить, что он не является консервативным, мог утратиться в ходе эволюции и, возможно, быть приобретен путем горизонального переноса генов, играющего важную роль в эволюции геномов прокариот. Это соображения подтвержаются теми данными, что кластеры UniRef100 и UniRef90 формирует единственный белок Achromobacter xylosoxidans, а кластер UniRef50 включает в том числе медьсодержащие нитритредуктазы не слишком родственных данной бактерии (относится к Betaproteobacteria) бактерий из классов Aiphaproteobacteria и Gammaproteobacteria того же филлума Pseudomonadota и даже бактерий из филлума Gemmatimonadota.
Только два факта для нитритредуктазы имеют ECO. Первый сообщает о локализации белка в периплазме и имеет код 0000250, обозначающий, что это сведение было получено из экспериментального исследования похожего белка. Однако, источник информации не указан, и, как я узнала из мануала, эта запись относится к тем, которые были созданы до введения системы классификации сведетельств, и коды ECO были позднее добавлены к ручной аннотации автоматически по принципу наиболее часто встречающегося типа свидельства в данной категории аннотации. Второе утверждение касается принадлежности белка к семейству "multicopper oxidases" и снабжено кодом 0000305, предполагающим, что оно было сформулировано куратором исходя из его/ее научных знаний или содержания какой-либо статьи, однако, опять же, ссылки на источник информации нет. Вывод: не стоит слепо доверять сведениям из аннотаций белков в UniProt, потому что не всегда ясно, откуда они вообще получены.