Практикум 9

1. Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Было выбрано 3 пары гомологичных белков MENB, KTHY и AROA. Построено глобальное выравнивание при помощи команды needle.

2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Для тех же трёх пар белков было построено локальное выравнивание при помощи команды water.

3. Результат применения программ выравнивания к неродственным белкам

Для неродстенных белков Degradation enzyme regulation protein DegQ (из ecoli) и RNA-binding protein Hfq (из bacsu) были построены локальное и глобальное выравнивание:

Needle:

Identity:18/465 ( 3.9%)

Similarity:26/465 ( 5.6%)

Gaps:402/465 (86.5%)

Score: 21.0

Water:

Length: 45

Identity:10/45 (22.2%)

Similarity:24/45 (53.3%)

Gaps:6/45 (13.3%)

Score: 27.0

Глобальное выравнивание почти полностью состоит из гэпов и имеет очень низкий скор.

Локальное выраравнивание произведено на небольшой (около 10%) участок и имеет скромные показатели.

Белки не являются родственными, и выравнивания это показали

4. Множественное выравнивание белков и импорт в Jalview

Был выбран белок MENB (1,4-dihydroxy-2-naphthoyl-CoA synthase). Всего с такой мнемоникой было найдено 23 белка, помимо 2 изначальных было выбрано 5 белков из других организмов (MENB_MYCTU, MENB_ARATH, MENB_STAAC, MENB_SALTY, MENB_CYACA).

Выравнивание полностью было сделано в Jalview, его можно увидеть здесь

Все белки выровнялись хорошо, для них можно предположить гомологию. Белок MENB_MYCTU отличается от остальных белков сильнее, чем остальные белки между собой, однако в нём присутствуют те же высококонсервативные участки, что и в других белках, поэтому гомология не может быть исключена.

С 87 колонки можно увидеть хорошо выравненные белки. Участки 87-105, 141-149, 176-186, 188-204, 211-234, 241-254, 269-275 являются высококонсервативными.