Практикум 3
1. Модели A, B, Z форм ДНК
При помощи команды fiber были сгенерированы структуры A, B, Z форм ДНК. Для этого были использованы следующие программы:
fiber -seq=GATCGATCGATCGATCGATC -a gatc-a.pdb
fiber -seq=GATCGATCGATCGATCGATC -b gatc-b.pdb
fiber -z gatc-z.pdb
Полученные структуры можно скачать ниже
2. Сравнение реальной и экспериментальной структуры ДНК
Для выполнения этого задания была выбрана B-форма ДНК. В её модели было определено расположение цитозина:
В сторону большой бороздки обращены атомы: C4, N4, C5, C6
В сторону малой бороздки обращены атомы: N1, C2, O2, N3
Цитозин с окрашенными в соответствии с расположением относительно бороздок атомами
Сравнительная таблица характеристик форм ДНК
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Шаг спирали, Å | 28,03 | 33,75 | 42,35 |
| Число оснований на виток | 11 пар | 10 пар | 12 пар |
| Ширина малой бороздки, Å | 7,98 (T11:A-C24:B) | 11,69 (C20:A - G25:B) | 7,20(G13:A - G31:B) |
| Ширина большой бороздки, Å | 16,81 (T39:B - C4:A) | 17,21 (A12:A - A26:B) | 18,3(C20:A - C58:B) |
Структура РНК
Координаты стеблей
1-7 и 72-66; 49-53 и 65-61; 38-44 и 32-26; 10-13 и 25-22
Неканонические пары оснований
5U-68G; 49G-65U; 54U-58A; 55U-18G; 36U-33U; 38A-32C; 44A-26G; 14A-8U; 15G-48C; 16G-18U
Дополнительные водородные связи
Такие водородные связи стабилизируют структуру тРНК, но не относятся к стеблям. В данной структуре такая пара только одна: 19G-56C