Практикум 4
1. Задание 1. Предсказание вторичной структуры заданной тРНК
Для предсказания вторичной структуры использовались программы find_pair einverted и алгоритм Зукера. Параметры для einverted: Gap penalty: 12, minimum score threshold: 0, match score: 3, mismatch score: -12
| Участок структуры | Акцепторный стебель | D-стебель | T-стебель | Антикодоновый стебель | Общее число канонических пар нуклеотидов |
| Позиции в структуре (по результатам find_pair ) | (1:7,77:66) | (10:25) | (49:65) | (28:44) | 25 |
| Результаты предсказания с помощью einverted | (1:7, 57:63) | 7:32 | 49:57 | 32:40 | 23 |
| Результаты предсказания по алгоритму Зукера | (1:7, 67:73) | 10:26 | 50:66 | 28:44 | 22 |
Задание 2. Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре
Упражнение 1
Упражнение 2
| Контакты атомов белка с | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 1 | 20 | 21 |
| остатками фосфорной кислоты | 13 | 60 | 73 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 4 | 9 | 13 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 0 | 1 | 1 |
Упражнение 3
Схема контактов, полученная с помощью программы nucplot, доступна по ссылке
Исходя из схемы, полученной с помощью программы nucplot, была найдена аминокислота с самым большим количеством контактов: Lys461:A
Рис. 1 Аминокислота Lys461:A с наибольшим количеством контактов
Самые сильные связи, найденные с помощью nucplot - водородные, поэтому аминокислота, с которой больше всего водородных связей, должна быть самой важной для структуры
Рис. 2. Аминокислота Arg466:A и образуемые ей и ДНК водородные связи