Структура РНК

1). Используя команду "get_pdb 1qrs" был получен pdb- файл с сервера kodomo-count.cmm.msu.ru . В записи PDB описана структура глутаминовая тРНКи из E.coli, также белок - глутаминил-тРНК синтетаза, идентификатор цепей тРНК является В.

2).Последовательность глутаминовой тРНК, информация взята из поля SEQRES PDB - файла.

3). Работа с командой find_pair. Структура была проанализирована программой find_pair. Найдено 4 спирали
U GGGGUAUC GCC AAGCGGUAAG GCA CCGGAUUC UGA UUCCGGCAU UC C GAGGUU C G AAUC CUCGU ACCCCA GCCA

При атомах фосфора 5'-концевого и 3'-концевого нуклеотидов подписаны номера остатков.

Для получения изображения использовались следующие команды:

background white
restrict nucleic
backbone 200
wireframe off
color grey
define helix1 2-7:B,66-71:B
select helix1
color red
define helix2 10-12:B,23-25:B
select helix2
color green
define helix3 37-44:B,26-33:B
select helix3
color purple
define helix4 49-53:B,51-65:B
select helix4
color yellow

5.Внеспиральные стекинг-взаимодействия между основаниями: Мною обнаружено 3 внеспиральных стекинг-взаимодействия : между основаниями 56 57; между 59 и 60.

Водородных связи между основаниями, не сводящиеся к Уотсон-Криковскому спариванию комплементарных оснований: в структуре обнаружены следующие : между 55 и 18 основаниями (U-G), между 44 и 26 (C-A), , между 46 и 47 (U-U), между 38 и 32 (U-U).

6. С использованием команды einverted я проанализировала структуру моей тРНК. При запросе, что подавать на вход использовала полученный файл 1qrs.fasta (последовательность из 75 нуклеотидов).Полученные данные можно посмотреть в файле 1qrs_rna.inv, они отличаются от тех, что были выданы командой find_pair (найдена только одна спираль).

результаты здесь

Я также попробовала в качестве входной дать последовательность, которая отличается от предыдущей тем, что в ней отсутствует первый урацил. Полученные данные в файле 1qrs2_rna.inv. Получаем спираль, состоящую из 6 пар комплементарных нуклеотидов. Сравнивая с результатами find_pair, можно отметить, что она является первым участком красной спирали.

результаты здесь

7.Программа mfold. Подавалась на вход последовательность тРНК из 74 нуклеотидов, параметру P придавалось значение 10. Ниже приведены 2 единственно полученных изображений структур тРНК.