A- и B-формы ДНК

1.С помощью программы fiber пакета 3DNA были построены A- и B-формы дуплекса ДНК, последовательность одной из нитей которого — 4 раза повторенная последовательность "gatc". Структуру дуплекса в А-форме сохранена в файле gatc_a.pdb, а структура дуплекса в В-форме - в файле gatc_b.pdb. Были использованы команды: fiber -a gatc_a.pdb fiber -b gatc_b.pdb

	A-форма	B-форма	dna35
Тип спирали (правая или левая)	правая	правая	правая
Шаг спирали (Å)	28,03А	33,75А	29,84А
Число оснований на виток	11	10	11
Ширина большой бороздки	7,98	17,21	10,99
Ширина малой бороздки	16,81	11,69	16,26

gatc-a от фосфата тимина-23 gatc-b от фосфата аденозина-10. Оказался интересным тот факт,что dna35 СОДЕРЖИТ ДВУСПИРАЛЬНЫЙ УЧАСТОК РНК!!!Значения для dna35 при различных измерениях отличались, т.е те значения, которые я получила для этого файла не являются постоянными, при просмотре файла в Rasmol видно, что имеется «посторонняя» структура, которая изменяет расположение больших и малых борозд + конфигурацию самих витков.

2. Работа с командой find_pair, Использовавшиеся команды: 1.find_pair -t gatc_a.pdb stdout | analyze 2.find_pair -t gatc_b.pdb stdout | analyze 3.find_pair -t dna35.pdb stdout | analyze

Результаты сравнения: А-форма:


Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
      1 G     ---    174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2
      2 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
      3 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
      4 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
      5 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
      6 A    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2
      7 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
      8 C    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.0  -157.2
      9 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
     10 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
     11 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
     12 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.7   -75.1  -157.2
     13 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
     14 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
     15 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
     16 C    -51.7   174.8    41.7    79.1    ---     ---   -157.2

  Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 C    -51.7   174.8    41.7    79.0    ---     ---   -157.2
   2 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   3 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   4 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   5 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   6 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   7 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   8 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
   9 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  10 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  11 A    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  12 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  13 C    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  14 T    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.8   -75.1  -157.2
  15 A    -51.7   174.8    41.7    79.0  -147.8   -75.1  -157.2
  16 G    -51.7   174.8    41.7    79.1  -147.7   -75.1  -157.2

B-форма:

Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi 
      1 G     ---    136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
      2 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
      3 T    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
      4 C    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
      5 G    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
      6 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
      7 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
      8 C    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
      9 G    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
     10 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
     11 T    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
     12 C    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
     13 G    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
     14 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
     15 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
     16 C    -29.9   136.4    31.1   143.4    ---     ---    -98.0

Strand II
       base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi 
      1 C    -29.9   136.4    31.1   143.4    ---     ---    -98.0
      2 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
      3 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
      4 G    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
      5 C    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
      6 T    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
      7 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
      8 G    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
      9 C    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
     10 T    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
     11 A    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
     12 G    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
     13 C    -29.9   136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0
     14 T    -29.9   136.3    31.1   143.3  -140.8  -160.5   -97.9
     15 A    -29.9   136.3    31.2   143.3  -140.8  -160.5   -98.0
     16 G     ---    136.4    31.1   143.4  -140.8  -160.5   -98.0

dna35:

Strand I
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 C     ---     ---     63.1    84.7  -148.5   -67.0  -173.2
   2 U    -78.5  -174.8    51.2    81.4  -151.0   -70.4  -162.9
   3 U    -73.3   177.0    53.1    77.8  -153.2   -72.8  -157.6
   4 G    -58.1   171.9    52.2    82.5  -153.5   -75.2  -158.4
   5 C    -57.7   169.7    49.8    79.5  -147.4   -72.2  -154.5
   6 U    -55.3   170.7    41.9    75.2  -152.4   -67.0  -155.9
   7 G    -58.6   178.8    45.4    78.7    ---     ---   -151.4
   8 G     ---   -130.3    62.2    83.4  -168.2   -56.5  -168.3
   9 G    -83.8  -153.5    52.2    81.7  -154.7   -64.7  -171.7
  10 U    -70.3  -172.6    49.3    80.9  -154.7   -72.1  -159.4
  11 G    -62.0   168.6    53.2    77.5  -156.9   -75.4  -152.3
  12 C    -59.4   171.8    51.5    80.4  -158.6   -66.1  -160.1
  13 A    -66.6  -180.0    55.4    80.6  -155.7   -73.4  -156.8
  14 C    -56.8   165.1    50.2    78.2  -152.5   -74.5  -165.3
  15 A    -61.5   172.4    55.0    83.7  -159.1   -61.8  -158.1
  16 C    -71.1   178.5    52.6    85.0  -147.5   -77.7  -160.6
  17 A    -59.5   167.8    46.5    80.2  -147.9   -77.6  -162.9
  18 G    -59.5   167.5    52.7    77.2  -152.7   -70.4  -158.5
  19 C    -56.7   165.5    55.6    79.5  -148.8   -75.0  -166.5
  20 A    -67.5   175.5    53.8    80.4  -151.4   -78.6  -153.8
  21 A    -62.1   171.6    50.6    80.8  -156.1   -60.6  -148.8
  22 G    -72.7  -174.8    50.6    74.3    ---     ---   -149.9

Strand II
  base    alpha    beta   gamma   delta  epsilon   zeta    chi
   1 G    -64.2  -178.1    55.6    75.9    ---     ---   -151.0
   2 A    -62.3   166.4    54.3    79.1  -155.1   -65.3  -157.3
   3 A    -59.3   177.1    50.5    81.2  -147.0   -75.9  -165.7
   4 C    -68.2   166.4    56.4    80.6  -154.8   -71.6  -164.4
   5 G    -65.9   170.8    53.2    77.8  -142.0   -77.6  -167.2
   6 A    -63.6  -174.1    48.7    81.7  -152.0   -68.3  -152.8
   7 C    -64.1   163.3    57.4    79.7  -158.8   -69.5  -161.0
   8 A    -59.4   170.4    51.6    81.5  -140.2   -76.9  -167.7
   9 C    -64.6   161.9    59.2    78.7  -149.0   -78.3  -160.1
  10 A    -69.0   174.6    52.9    80.3  -148.9   -74.1  -160.2
  11 C    -64.9   176.1    55.0    80.1  -160.2   -68.9  -148.3
  12 G    -67.9   178.7    54.3    81.3  -160.0   -64.8  -154.0
  13 U    -70.8  -168.5    50.1    83.6  -159.3   -65.9  -171.4
  14 G     ---   -159.8    47.0    81.5  -156.3   -66.8  -173.4
  15 G     ---   -129.9    47.5    81.4    ---     ---   -161.4
  16 G    -69.9  -172.6    45.4    79.7    ---     ---   -147.3
  17 U    -63.1   178.6    50.4    80.7  -155.6   -63.5  -159.4
  18 C    -66.8   176.7    53.3    79.6  -151.7   -73.5  -164.4
  19 G    -66.9   163.6    60.4    79.5  -161.5   -70.2  -161.2
  20 U    -66.1   165.3    56.8    80.7  -148.8   -72.7  -160.7
  21 U    -72.3   172.9    56.7    81.2  -142.1   -75.2  -169.3
  22 C     ---     ---     67.1    82.5  -142.8   -75.9  -161.2

При изучении полученных результатов, можно сделать вывод, что dna35 довольно сильно отличается от А- и В-форм ДНК, однако больше всё-таки походит на А-форму.

С помощью программы pdb2img, получены изображения структур в виде стопочных моделей (вид сверху, вид сбоку).
gatc-a:

Вид сверхуВид сбоку
gatc-b:

Вид сбоку
dna35:

©Golovastova Marina

A- и B-формы ДНК

С помощью программы pdb2img, получены изображения структур в виде стопочных моделей (вид сверху, вид сбоку). gatc-a: Вид сверхуВид сбоку gatc-b: Вид сбоку dna35: ©Golovastova Marina

©Golovastova Marina

С помощью программы pdb2img, получены изображения структур в виде стопочных моделей (вид сверху, вид сбоку).
gatc-a:

Вид сверхуВид сбоку
gatc-b:

Вид сбоку
dna35:

©Golovastova Marina