1.Бутстреп-анализ выравнивания мутированных последовательностей,
соответствующих листьям исходного дерева.
Программой fseqboot было создано 100 бутстреп-реплик выравнивания:
Использовалась слудующая команда - fseqboot all_leaves.fasta -auto
Полученные 100 выравниваний были поданы на вход программе fdnaml.
fdnaml all_leaves.fseqboot -ttratio 1 -auto
Была запущена программа fconsense. Ей на вход были поданы 100 скобочных формул из файла all_leaves.treefileсоответствующих
реконструкциям, сделанным по каждому из выравниваний. ,
Результаты бутстреп-анализа находятся в файле all_leaves.fconsense.
Полученное консенсусное дерево:
+------a
+-96.0-|
| +------b
+-58.0-|
| | +------e
+------| +-64.0-|
| | +------f
| |
| +--------------------d
|
+---------------------------c
Бутстреп-значения всех внутренних ветвей полученного консенсусного дерева равно 64, 58, 96. Исходя из полученных бутстреп значений,
дерево можно считать вполне достоверным.
Сравнивая его с реальным деревом, видно, что по топологии они одинаковы. Это можно подтвердить полученными данными:
Set (species in order) How many times out of 100.00
....** 96.00
..**.. 64.00
..**** 58.00
2.Создание изображения дерева программой fdrawtree. Файл со скобочной структурой исходного
дерева (((А:70,B:70):30,(C:90,D:90):30):5,(E:70,F:70):5); был подан на вход программе fdrawtree. Получили следующее филогенетическое дерево.
 |
Сравнивая полученное изображение со скобочной структурой (((А:70,B:70):30,(C:90,D:90):30):5,(E:70,F:70):5); можно сделать вывод,
что полученное филогенетическое дерево вполне ей соответствует.