Щелочная фосфатаза (англ. Alkaline phosphatase, ALP, ALKP) — фермент гидролаза (класс ферментов, катализирующий гидролиз ковалентной связи [1]), отщепляющая фосфат (дефосфорилирующая) от многих типов молекул, например, нуклеотидов, белков и алкалоидов. У бактерий этот белок располагается в периплазматическом пространстве, снаружи от цитоплазматической мембраны. Щелочная фосфатаза бактерий относительно устойчива к инактивации, денатурации и деградации. Возможно, одной из функций фосфатазы является отщепление фосфатов от органических молекул, так как многие фосфорилированные соединения не могут проникать через плазматическую мембрану [2].
Рисунок 1. Димер щелочной фосфатазы бактерий. Синим выделен N-конец, красным — C-конец [3].
>AKC29168.1 alkaline phosphatase MKKLILFSVIVISSIIHAQQQRPKLVVGIVVDQMKMEYLYRFSSDFSQNGFKKLLDDGYT FHNMNYNYMPTYTAPGHASLYTGTTPAVHGIVANDWFNKTTGKNIYCTDDTSVKILGDGI AKEGEMSPKNLQSTTITDELRMATNFKGKVIGLSIKDRGAILPAGHFANWAFWFSSTGSF ISSTFYGEKLPDWVTEFNQEKKYMTYINKGWDLLNPIDTYNESLSDNNPYEGKIDKTKEP VFPYDLKKIYDQKGAEIIKSTPYGNDILADFAIRTIEKEALGKDDITDFLTVSFSSTDYI GHTFGAHSIELQDTYLRLDKTIANLIANLDQTVGKENYLLFLSADHAGAENASYLRDHKY DVKNINVNDLTASLKKFSEETFGVNLVLNYSNANLFFNKAIIKEKGLELNKIKQSFKDYL MTLKEVKRAYTEEEILNSTGNDYYLNFILKGYDPKQNGDIVVLYGTGNIDHGVTGTTHGT PYSYDTHVPCIFYGWNIKKGETHDKKEITQIVPTIAQKIQIPFPNGVQSNVLIEILK
| Идентификатор белка | AKC29168.1 |
| Идентификатор генома | CP010278.2 |
| Название белка | Alkaline phosphatase |
| Координаты гена в геноме | 1939662..1941275 |
| Длина гена | 1614 п.н. |
| Цепь | Обратная |
| Длина белка | 537 а.о. |
Рисунок 2. Геномное окружение гена белка Щелочная фосфатаза (идентификатор белка AKC29168.1) Изображение получено с помощью геномного браузера NCBI. Six-frame translations - шесть рамок считывания, которые изображены на рисунке сверху. Зелёным цветом показаны старт-кодоны, а красным - стоп кодоны. Серые прямоугольники - это открытые рамки считывания. Каждой рамке считывания присвоено значение от -3 до +3. Число обозначает величину сдвига относительно начала генома. А знак обозначает направление считывания. Положительное значение означает, что считывание происходит с прямой цепи, а отрицательное - с обратной, т.е комплементарной прямой. Также есть стрелки, которые указывают направление считывания. Нетрудно заметить, что при положительных значениях рамки считывания стрелки указывают только вправо, а при отрицательных - наоборот только влево. Исследуемый белок считан с обратной цепи, рамка считывания -2. Исследуемый белок окружен двумя другими, с 5' конца располагается hypothetical protein. С 3' конца белок с идентификатором AKC29169.1. Этому идентификатору соответствует 2-nitropropane dioxygenase. Этот белок, представляет собой фермент, катализирующий химическую реакцию взаимодействия 2,2-нитропропана с кислородом [4].
[2] Щелочная фосфатаза. Wikipedia.
[3] Kim EE, Wyckoff HW (1991) Reaction mechanism of alkaline phosphatase based on crystal structures. Two-metal ion catalysis. J. Mol. Biol. 218 (2): 449–64. DOI:10.1016/0022-2836(91)90724-K.
[4] 2-nitropropane dioxygenase. Wikipedia.