Практикум 1. Филогенетическое дерево

Для выполнения данного практикума выберем 7 протеобактерий из списка при помощи генератора случайных чисел. С названиями можно ознакомиться в таблице 1.

Таблица 1. Отобранные бактерии
Название Мнемоника
Escherichia coli ECOLI
Haemophilus influenzae HAEIN
Pseudomonas aeruginosa PSEAE
Pseudomonas mendocina PSEMY
Roseobacter denitrificans ROSDO
Saccharophagus degradans SACD2
Yersinia pestis YERPE

Руководствусь приведённым ниже филогенетическим деревом, нарисуем дерево из выбранных организмов при помощи программы MEGA7.

Рисунок 1. Исходное филогенетическое дерево.

Скобочная формула дерева

((((YERPE, ECOLI), HAEIN), (SACD2, (PSEAE, PSEMY))), ROSDO);

Изображение дерева

Рисунок 2. Полученное филогенетическое дерево.

Ветви дерева

Дерево содержит следующие нетривиальные ветви:

  1. {YERPE, ECOLI} против {HAEIN, SACD2, PSEAE, PSEMY, ROSDO}
  2. {YERPE, ECOLI, HAEIN} против {SACD2, PSEAE, PSEMY, ROSDO}
  3. {YERPE, ECOLI, HAEIN, SACD2, ROSDO} против {PSEAE, PSEMY}
  4. {YERPE, ECOLI, HAEIN, ROSDO} против {SACD2, PSEAE, PSEMY}

Практикум 2. Реконструкция филогении

Все представленные в практикуме организмы являются протеобактериями. Таксономические различия представлены в таблице 2.

Рисунок 3. Полученное филогенетическое дерево с учётом таксономии. Оранжевая ветвь разделяет разные классы (Alphaproteobacteria & gammaproteobacteria), синяя - выделяет порядок Enterobacterales, а красная - порядок Pseudomonadales, серые не выделяют разные таксоны.
Таблица 2. Систематическое положение выбранных бактерий согласно таксономии NCBI.
Класс Порядок Семейство Вид
γ-proteobacteria Enterobacterales Enterobacteriaceae Escherichia coli
Yersiniaceae Yersinia pestis
Pasteurellales Pasteurellaceae Haemophilus influenzae
Cellvibrionales Cellvibrionaceae Saccharophagus degradans
Pseudomonadales Pseudomonadaceae Pseudomonas aeruginosa
Pseudomonas mendocina
α-proteobacteria Rhodobacterales Rhodobacteraceae Roseobacter denitrificans
© Marina Kan, 2019