Задание 1. Pymol

PDB ID- 5RHC (главная протеаза SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2 main protease fragment))

Данная структура была получена в рамках исследования консорциума PanDDA над способами связывания низкомолекулярных фрагментов (в данном случае USA) с главной протеазой коронавируса Sars-COV-2. Эта информация может помочь в поиске ингибиторов этого фермента.

рис.1. Предположительные взаимодействия лиганда USA c аминокислотными остатками протеазы SARS-CoV-2

Сессия PyMol

Задание 2. ЭП: хорошая и плохая расшифровки.

PDB ID: 1PXK VS 6Q4G (human cyclin dependent kinase 2)

1) Различия, которые сразу бросаются в глаза- это некоторые неразрешенные части структур, но такие имеются в обеих расшифровках
2) После просмотра карт электорнной плотности в режиме volume (что менее информативно) и mesh (срез по уровню 2) я сделала вывод, что структура циклин-зависимой киназы 2 с PDB ID 6Q4G лучше описывает атомы и содержит меньше неразрешенных участков чем структура с PDB ID 1PXK.
Данные о разрешении структрур с сайта следующие: для структуры с PDB ID 6Q4G разрешение равно 0.98 Å, а для структуры с PDB ID 1PXK лишь 2.80 Å, что подтвержает выводы о качестве разрешения структур.
3)


(срез по уровню 2, carve=2)

Сессия PyMol

Задание 3. ЭП и положение в структуре.

PDB ID- 5RHC (главная протеаза SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2 main protease fragment)). Следующие три изображения показывают электорнную плотность остова (без боковых радикалов аминокислот) вышеназванного белка на трех уровнях подрезки (равными 1, 2 и 3).


уровень подрезки = 1, carve = 1.5 стурктуры с PDB ID- 5RHC (главная протеаза SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2 main protease fragment))


уровень подезки = 2, carve = 1.5 структуры с PDB ID- 5RHC (главная протеаза SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2 main protease fragment))


уровень подрезки = 3, carve = 1.5 структуры с PDB ID- 5RHC (главная протеаза SARS-CoV-2 (SARS-CoV-2 main protease fragment))

Вывод: как мы видим, с увеличением уровня подрезки электорнные облака становятся меньше, плотнее и на третьем уровне остаются в основном вокруг наиболее электроотрицательных атомов остова (O, N). Это вполне логично, так как чем выше уровень подрезки, тем большее значение функции электронной плотности мы визуализируем. К тому же, можно заметить, что к третьему уровню подрезки электорнная плотность видна в основном внутри белковой глобулы, это может говорить о большей подвижности смотрящих в раствор (наружных) частей белка.

Задание 4. ЭП и типы атомов.

Фрагмент структуры с PDB ID 5RHC, предположительно взаимодействующий с лигандом


уровень подрезки 1


уровень подрезки 2


уровень подрезки 3


результат наложения трех уровней подрезки

Сессия PyMol

Вывод: на уровне подрезки 1 электронной полотностью покрыты все атомы участка структуры с лигандом, далее с увеличением уровня подрезки можно заметить, что электронные облака исчезают вокруг наименее электроотрицательных атомов и к уровню подрезки 3 остаются лишь вокруг наиболее электроотрицательных атомов. Странно, что электронная плотность исчезла вокруг имидазольного кольца лиганда USA (возможно, это связано с большей подвижностью лиганда по сравнению с остовом).