1. Анализ качества чтений
| Команда | Функция |
|---|---|
| /home/students/y06/anastaisha_w/hisa t2-2.0.5/hisat2 --no-softclip -x chr5 -U chr5.1.fastq -S chr5_al.sam --un --al | Строит выравнивание референсной последовательности и прочтений |
| samtools view chr5_al.sam -b -o chr5_al.bam | Переводит выравнивание в бинарный формат |
| samtools sort chr5_al.bam -T file.txt -o chr5_al_sort.bam | Сортирует выравнивание чтений с референсом по координате в референсе начала чтения |
| samtools index chr5_al_sort.bam | Индексирует отсортированный .bam файл |
| Команда | Опция |
|---|---|
| -f | формат для входного файла, может быть или .sam, или .bam (в нашем случае bam) |
| -i | Определение из файла GFF, которое будет использоватся для описания. По умолчанию- это ID гена (для RNA-seq подходит). |
| -s | -'yes'- чтения должны ложиться на ту же цепочку по направлению,
что и при картировании -'no'- чтение считается переврывающимся с геномом, даже, если оно расположено на противоположной цепи (было использовано для обработки) -'reverse'- все меняется на противоположную цепочку |
| -m | Для обработки чтений, которые покрывают более одного гена, экзона и т.п (feature): 'union'- обьединение, попадает все, что покрывает данное определение 'intersection_strict'- попадают только чтения, которые полностью легли на данное определение (использовалось это) 'intersection_nonempty'- непустое пересечение с данным опреледением |