- в сторону большой бороздки обращены атомы ([DC]2:A.N1)С2.N1.28; ([DC]2:A.C2) С2.C2.26; ([DC]2:A.О2)С2.O2.30; ([DC]2:A.N3) С2.N3.31 эксперементальной а-формы ДНК
-в сторону малой бороздки обращены атомы ([DC]2:A.С4) С2.C2.34; ([DC]2:A.N4) С2.N4.33 эксперементальной а-формы ДНК

Работа с 3DNA

-cсылка на файл со значениями торсионных углов

- Cравнивая значения торсионных углов, было выявлено наибольшее сходство тРНК с А-формой ДНК.

Ex.3.2.
1) ссылка на файл с координатами стеблей
2) Вторичная сруктура заданной тРНК:
-акцепторный стебель
(0.043) ....>B:.901_:[PSU]P-**--A[..A]:.972_:B<.... (0.002)
(0.002) ....>B:.902_:[..U]U-----A[..A]:.971_:B<.... (0.004)
(0.004) ....>B:.903_:[..C]C-----G[..G]:.970_:B<.... (0.004)
(0.005) ....>B:.904_:[..C]C-----G[..G]:.969_:B<.... (0.004)
(0.003) ....>B:.905_:[..U]U-*---G[..G]:.968_:B<.... (0.008)
(0.003) ....>B:.906_:[..C]C-----G[..G]:.967_:B<.... (0.011)
(0.004) ....>B:.907_:[..G]G-----C[..C]:.966_:B<.... (0.004)

-D-стебель
(0.007) ....>B:.910_:[2MG]g-----C[..C]:.925_:B<.... (0.008)
(0.003) ....>B:.911_:[..C]C-----G[..G]:.924_:B<.... (0.010)
(0.004) ....>B:.912_:[..C]C-----G[..G]:.923_:B<.... (0.012)
(0.010) ....>B:.913_:[..C]C-**--C[..C]:.922_:B<.... (0.005)

-антикодоновый стебель
(0.008) ....>B:.939_:[..C]C-----G[..G]:.931_:B<.... (0.010)
(0.003) ....>B:.940_:[..C]C-----G[..G]:.930_:B<.... (0.007)
(0.006) ....>B:.941_:[..A]A-----U[..U]:.929_:B<.... (0.005)
(0.010) ....>B:.942_:[..G]G-----C[..C]:.928_:B<.... (0.004)
(0.003) ....>B:.943_:[..A]A-**--P[PSU]:.927_:B<.... (0.044)
(0.008) ....>B:.944_:[..A]A-*---g[M2G]:.926_:B<.... (0.013)

-Т-стебель
(0.013) ....>B:.949_:[5MC]c-----G[..G]:.965_:B<.... (0.005)
(0.004) ....>B:.950_:[..C]C-----G[..G]:.964_:B<.... (0.007)
(0.006) ....>B:.951_:[..A]A-----U[..U]:.963_:B<.... (0.005)
(0.010) ....>B:.952_:[..G]G-----C[..C]:.962_:B<.... (0.006)
(0.010) ....>B:.953_:[..G]G-----C[..C]:.961_:B<.... (0.004)


3) дополнительные водородные связи в тРНК, стабилизирующие ее третичную структуру
(0.010) ....>B:.918_:[..G]G-----C[..C]:.956_:B<.... (0.003)
(0.003) ....>B:.914_:[..A]A-**--U[..U]:.908_:B<.... (0.004)
(0.005) ....>B:.915_:[..A]A-**+-U[..U]:.948_:B<.... (0.006)
(0.005) ....>B:.954_:[5MU]t-**--a[1MA]:.958_:B<.... (0.009)
(0.044) ....>B:.955_:[PSU]P-**+-G[..G]:.917_:B<.... (0.009)


4) Неканонические взаимодействия
(0.003) ....>B:.905_:[..U]U-*---G[..G]:.968_:B<.... (0.008)
(0.010) ....>B:.913_:[..C]C-**--C[..C]:.922_:B<.... (0.005)
(0.008) ....>B:.944_:[..A]A-*---g[M2G]:.926_:B<.... (0.013)
(0.044) ....>B:.955_:[PSU]P-**+-G[..G]:.917_:B<.... (0.009)