- Структура РНК, полученная с помощью RNAfold:



- Результат работы einverted ((gar penalty = 0, Score threshold = 0):



Ниже представлена таблица, где сравниваются предсказанные структуры с полученными ранее данными о вторичной структуре тРНК

Участок структуры Позиции в структуре (по результатам find_pair) Результаты предсказания с помощью einverted Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель >B:.901_:[PSU]P-**--A[..A]:.972_:B< >B:.902_:[..U]U-----A[..A]:.971_:B< >B:.903_:[..C]C-----G[..G]:.970_:B< >B:.904_:[..C]C-----G[..G]:.969_:B< >B:.905_:[..U]U-*---G[..G]:.968_:B< >B:.906_:[..C]C-----G[..G]:.967_:B< >B:.907_:[..G]G-----C[..C]:.966_:B< совпали пять из семи совпали шесть из семи
D-стебель >B:.910_:[2MG]g-----C[..C]:.925_:B< >B:.911_:[..C]C-----G[..G]:.924_:B< >B:.912_:[..C]C-----G[..G]:.923_:B< >B:.913_:[..C]C-**--C[..C]:.922_:B< совпали два совпали три из четырех
T-стебель >B:.949_:[5MC]c-----G[..G]:.965_:B< >B:.950_:[..C]C-----G[..G]:.964_:B< >B:.951_:[..A]A-----U[..U]:.963_:B< >B:.952_:[..G]G-----C[..C]:.962_:B< >B:.953_:[..G]G-----C[..C]:.961_:B< 0 предсказаны все
Антикодоновый стебель >B:.939_:[..C]C-----G[..G]:.931_:B< >B:.940_:[..C]C-----G[..G]:.930_:B< >B:.941_:[..A]A-----U[..U]:.929_:B< >B:.942_:[..G]G-----C[..C]:.928_:B< >B:.943_:[..A]A-**--P[PSU]:.927_:B< >B:.944_:[..A]A-*---g[M2G]:.926_:B< 0 Предсказаны пять из шести
Общее число канонических пар нуклеотидов 18 23 20


Задание 2
1)


2) Таблица контактов в комплексе 1rio.pdb

Контакты атомов белка (H-цепь) с Полярные Неполярные Всего
остатками 2'-дезоксирибозы 0 2 2
остатками фосфорной кислоты 13 15 28
остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 10 23 33
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 0 0 0

На основании данных, приведенных в таблице, можно сделать следующие выводы:
- Больше всего контактов белок образует c остатками азотистых оснований ДНК со стороны большой бороздки.
- Меньше всего ДНК-белковых контактов с атомами азотистых оснований со сотроны малой бороздки.

Ex.3
Схема ДНК-белковых контактов:


1)аминокислота с наибольшим числом указанных на схеме контактов с ДНК- Gln45 цепи А (однако это не водородные связи). Все остальные случаи с одной водородной связью.

2) Для распознавания последовательности ДНК белку необходимо контактировать с азотистыми основаниями. Также, если отталкиваться от соображений, что водородные связи сильнее гидрофобных контактов, получим следующее:

Водородная связь между серином и гуанином


Водородная связь между глицином и тимином


© Nenartovich Marina 2017