Ex.1
Для этого практимума я выбрала очень забавное животное- Мадагаскарскую руконожку (Daubentonia madagascariensis (aye-aye)).

Это единственный выживший вид семейства Руконожковых. Это самый крупный пердставитель ночных приматов. Как ни странно, у мадагаскарских аборигенов этот зверек вызывает страх и трепет))) Больше о руконожке Вы можете прочитать здесь .

Для этого животного есть всего одна сборка генома на NCBI. Ее характеристика:
1) Общая длина- 2,855,365,987
2) число контигов- 3,527,892
число скэффолдов- 3,231,305
3) N50- 3,653
L50- 193,839
4) число аннотированных белков- 0
5) ссылку нa публикацию с описанием проекта: проект- Daubentonia madagascariensis Genome sequencing and assembly ;
статья- A genome sequence resource for the aye-aye (Daubentonia madagascariensis), a nocturnal lemur from Madagascar
6) ссылку на последовательность одного из контигов- contig_10


Ключи (Feature Keys) таблиц особенностей (FT или Feature table):

название ключа определение примеры квалификаторов примеры
centromere область центромеры, подтвержденная экспериментально /citation=[number]
/db_xref=":"
/experiment="[CATEGORY:]text"
/inference="[CATEGORY:]TYPE[(same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
/note="text"
/standard_name="text" 		NC_037280.1
intron часть ДНК, которая транскрибируется, но в ходе процессинга вырезается /allele="text"
/citation=[number]
/db_xref=":"
/experiment="[CATEGORY:]text"
/function="text"
/gene="text"
/gene_synonym="text"
/inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
/trans_splicing 		NC_040113.1
mat_peptide последовательность кодирует зрелый (после посттрансляционных изменений) белок или пептид /allele="text"
/citation=[number]
/db_xref=":"
/EC_number="text"
/experiment="[CATEGORY:]text"
/function="text"
/standard_name="text" 		X84764.1
misc_feature Регион, который не может быть описан другими ключами особенностей(новая или редкая последовательность) /allele="text"
/citation=[number]
/db_xref=":"
/experiment="[CATEGORY:]text"
/function="text"
/gene="text"
/gene_synonym="text"
/standard_name="text" 		LC426380.1
polyA_site сайт РНК, к которму будет присоединен поли-А хвост в ходе постранскрипционного полиаденилирования /allele="text"
/citation=[number]
/db_xref=":"
/experiment="[CATEGORY:]text"
/gene="text"
/gene_synonym="text"
/inference="[CATEGORY:]TYPE[ (same species)][:EVIDENCE_BASIS]"
/locus_tag="text" (single token)
/map="text"
/note="text"
/old_locus_tag="text" (single token) 		NM_001271921.
propeptide кодирующая последовательность для домена            предшественника белка, который расщепляется с образованием зрелого продукта. /allele="text"
/citation=[number]
/db_xref=":"
/experiment="[CATEGORY:]text"
/function="text"
/gene="text"
/gene_synonym="text" 		AB781599.1
regulatory участок, учавствующий в ргуляции транскрипции, трансляции, репликации или структуры хроматина /allele="text"
/bound_moiety="text"
/citation=[number]
/db_xref=":"
/experiment="[CATEGORY:]text"
/function="text"
/gene="text"
/gene_synonym="text"
CP025272.1


Cостояние дел в одном из геномных проектов- Микробиота человека (Human Microbiome Project)



Данный проект поддерживется Национальным Институтом Здоровья (NIH). Человеческий организм населяют множество различных микроорганизмов, включающих бактерий, архей, эукариот и вирусов. Цель этого проекта- создать базу данных, в которй будет содержаться всесторонняя информация о микробиоте человека, а также анализ ее влияния на здоровье. Для достижения этой цели используется подход изучения микробиоты, отобранной непосредсвенно из естественной среды обитания, то есть без необходимости культивирования в лаборатории (т.н. метагеномика). Проект был начат в 2008 году, больше информации о нем Вы сможете найти на официальном сайте. По состонянию на 2017 год:
- полностью собранных метагеномов- 1981. Последняя статья на PubMed: Strains, functions and dynamics in the expanded Human Microbiome Project.


Таблица митохондриальных генов Dictyostelium citrinum

- Запрос был сделан на сайте ENA
- 26 находок и все из раздела realease
- я выбрала организм Dictyostelium citrinum.
.
AC выбранной записи банка- DQ336395.
- Таблица генов белков, закодированных в митохондриальном геноме.

коротокое название гена координаты в геноме полное название идентификатор белка
ND4 50..1660 NADH dehydrogenase subunit 4 ACD12733.1
nad2 1664..3139 NADH dehydrogenase subunit 2 ABC60395.1
----- 3142..3375 hypothetical protein ABC60371.4
cox3 3700..4995 cytochrome oxidase subunit 3 ABC60394.1
oMp05 5030..6316 Mp05-like protein ACD12732.1
cox1/2 join(6514..6794,7176..7683,11535..11681,12823..13062,14505..15647) cytochrome oxidase subunit 1/2 ACD12728.1
ai2a 7712..8608 endonuclease ai2a ABC60392.1
----- 9350..9553 hypothetical protein ACD12731.1
ai2b 9534..10373 endonuclease ai2b ABC60391.1

Остальные гены и их описание можно найти в этой таблице

© Nenartovich Marina 2017