1. Получение информации о КОГе, к которому относится белок-предшественник нопалин-связывающего периплазматического белка NocT (opaline-binding periplasmic protein precursor NocT)

- Идентификатор КОГа: COG0834
- Величиа e-value для отнесения данного белка к этому КОГу: e-value =2.29e-42
- В данном белке КОГ обнаруживается с 27 по 282 аминокислотный остаток
- Название КОГа и функциональная категория:
ABC-type amino acid transport/signal transduction system, periplasmic component/domain
Аминокислотный транспортер ABC-типа/система передачи сигнала, периплазматический компонент/домен

Также для этого белка естьеще один КОГ с более высоким e-value:
- Идентификатор КОГа: COG4623
- Величиа e-value для отнесения данного белка к этому КОГу: e-value = 1.44e-04
- В данном белке КОГ обнаруживается с 25 по 276 аминокислотный остаток
- Название КОГа и функциональная категория:
Membrane-bound lytic murein transglycosylase MltF
Мембран-связанная трансгликозилаза MLtF, лизирующая муреин

2. Визуализация геномного окружения

-Изображение получено программой COGNAT, на нем показаны соседние гены для генов описанного выше КОГа (в одном цистроне)
- параметры были следующими: количесво соседних генов (Neighborhood Size)- 9
Occurence threshold - 20% (т.е. подкрашены гены КОГа, встречающиеся в более чем 20% случаев)
Taxonomy -"нет" (отсортированы по множественным выравниваниям целевого КОГа)
1) Геномное окружение консервативное. Его образуют КОГи:
1. COG0765- ABC-type amino acid transport system, permease component
2. COG1126- ABC-type polar amino acid transport system, ATPase component
Данные КОГи имеют схожие функции:
2) Вариабельность в расположении КОГов присутсвует:

Однако целевой КОГ обычно располагается в левом цистроне.

3. Отнесение целевого белка nopaline-binding periplasmic protein precursor NocT из организма Pantoea ananatis AJ13355 к терминам GO

- помощью алгоритма BLAST в базе данных GO нашелся белок 'Amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein' (UniProt ID: Q9KQY4) из организма Vibrio cholerae serotype O1
- P-value: 7.2e-36. Однако, это не белок интереса.

Аспект	Идентификатор GO	Название термина	Перевод названия термина	Код типа достоверности
Биологический процесс (biological process)	GO:0006865	Аmino acid transport	Транспорт аминокислот	ISS
Функция молекулы (olecular function)	GO:0015424	amino acid-transporting ATPase activity	транспорт аминокислот с затратой АТФ	ISS

Код типа достоверности	Расшифровка кода типа достоверности	Объяснение
ISS	Inferred from Sequence or structural Similarity	Используется, когда за основу для анализа взяты эксперементальные данные, проверенные вручную. Также для заключения подойдут результаты структурного сравнения с белками, охарактеризванными кристаллографией, ЯМР и т.д.

Результат поиска BLAST в GO дал спорный результат: найденный белок совершено из другого организма, судя по названию имеет функции, не сильно похожие на функции белка интереса. Так, получается, что этот белок занимается транспортом аминокислот , при этом затрачивая энергию АТФ. Это описание можно считать подходящим и для целевого белка, так как я проверила описание функций зрелого белка nocT из того же организма (Pantoea ananatis), и они попадают под определение, выданное GO (к тому же, поиск BLASTом для этого белка в GO дал тот же результат). Также, эти белки относятся к одному КОГу (COG0834), что дает основание судить о белке интереса по найденному в GO.