1. База данных OPM

Bacterial semiSWEET transporter, inward-open conformation

-ID в OPM- 4x5m

Толщина гидрофобной части белка в мембране	Координаты трансмембранных спиралей	Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали (или одном ?-тяже) белка	В какой мембране находится белок
31.6 ± 1.9 Å	TM segments: 1( 4- 24), 2( 37- 58), 3( 60- 82)	20	внутренняя мембрана грамм-отрицательной бактерии (E.Coli)

Porin OprO

-ID в OPM- 4rjw

Толщина гидрофобной частбелка в мембране	Координаты трансмембранных спиралей	Среднее количество остатков в одной трансмембранной спирали (или одном ?-тяже) белка	В какой мембране находится белок
25.4 ± 0.7 Å	TM segments: 1( 29- 40), 2( 55- 67), 3( 93- 99), 4( 109- 115), 5( 119- 127), 6( 150- 157), 7( 164- 171), 8( 183- 189), 9( 201- 207),10( 262- 271),11( 274- 281), 12( 299- 305),13( 335- 342),14( 367- 374),15( 382- 387),16( 405- 412)	48	внешняя мембрана грамм-отрицательной бактерии

2. Анализ предсказания трансмембранных спиралей

Предсказание, сделанное сервисом TMHMM
-ccылка на результат в текстовом виде

На графике по оси 0Y показана апостериорная веронятность того, что участок белка от одного основания до другого, номера которых указаны по оси 0Х, будет локализован в участке, обозначенном нужным цветом (легенда находится под графиком). Вероятность вычислятеся для каждого отдельного остатка и суммируется по всем возможным исходам. График и прогноз могут несколько расходиться, но в таком случае лучше верить именно прогнозу.

Предсказание, сделанное сервисом Phobius
-ccылка на результат в текстовом виде

По оси 0Y обозначена апостериорная вероятность того, что данный участок белка (номера остатков указаны по оси 0Х) локализован в том или ином месте. Однако, как написано в описании к использованию этого сервиса, график и прогноз могут несколько отличаться, так как график показывает вероятность для каждого отдельного остатка, тогда как прогноз, находящийся в текстовом файле предсказывает локализацию для всей структуры, поэтому авторы советуют воспринимать график лишь как дополнительную информцию.


- в результате сравения выдачи этих двух программ друг с другом, а также с инфорацией, приведнной в ОРМ, оказалось, что:
1) Оба сервиса предсказали намного больше трансмембранных участков, чем это есть на самом деле
2) Наиболее точным оказалось предсказание TMHMM- угадано все три участка, однако все равно с некоторыми отличиями от информации из OPM- начало и конец участков сдвинуты на несколько оснований
3) Phobius предсказал два участка из трех, но начальные и конечные остатки все равно не совпали
Таким образом, можно сделать вывод, что наиболее точное предсказание было сделано сервисом TMHMM, но отличия от информации из базы даных все равно имеются.

*ссылка на файл Excel

3. База данных TCDB

В TCDB нашелся только белок Porin OprO. Его ID- 1.B.5.1.2, что означает:
1) 1.B.5 - The Pseudomonas OprP Porin (POP) Family (семейство белков The Pseudomonas OprP (Pseudomonas- название организма)
2) Остальные две цифры уже точно класифицируют именно этот белок:
Outer membrane phosphate-selective porin OprP (PorP) of 440 aas. Binds and transports a variety of mono, di- and trivalent anions (Benz et al. 1993). An arginine in the pore determines the anion selectivity (Modi et al. 2013). Residues involved in anion affinity and a preference for Pi versus P2 have been identified (Modi et al. 2015). Both monomeric and trimeric OprP are belived to maintain their anion selectivity (Niramitranon et al. 2016). The phosphonic-acid antibiotic fosfomycin is highly permeable through the OprO and OprP channels (Citak et al. 2018).
(Фосфат-селективная пора OprP (PorP), расположенная во внешней мембране, состоит из 440 а.о. Эта пора связывает и транспортирует различные моно-, ди- и тривалентные анионы. Аргинин, находящийся в поре, обуславливает селективность к анионам. Остальные остатки обеспечивают анионную аффинность и пердпочтение Pi, а не P2. Считается, что мономерные и тримерные поры OprP сохраняют анионную селективность. Антибиотик на основе фосфоновой кислоты- фосфомицин, легко проходит через эти каналы.