Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein name ID 1 ID 2 Score % Identify % Similarity Gaps Indels
6-phosphogluconolactonase 6PGL_BACSU 6PGL_ECOLI 304.5 25.3% 42.0% 62 10
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha ACCA_BACSU ACCA_ECOLI 814.5 51.1% 66.0% 14 4
High-affinity zinc uptake system binding-protein ZnuA ZNUA_BACSU ZNUA_ECOLI 235.0 22.6% 41.8% 27 7


Локальное парное выравнивание гомологичных белков


Protein name ID 1 ID 2 Score % Identify % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
6-phosphogluconolactonase 6PGL_BACSU 6PGL_ECOLI 317 30.6% 48.7% 16 5 75.1% 76.5%
Acetyl-coenzyme A carboxylase carboxyl transferase subunit alpha ACCA_BACSU ACCA_ECOLI 823.5 53.8% 69.6% 3 2 95.1% 97.8%
High-affinity zinc uptake system binding-protein ZnuA ZNUA_BACSU ZNUA_ECOLI 243.5 22.9% 44.1% 11 6 91.2% 94.2%

Результат применения программ выравнивания Needle и Water к неродственным белкам


Глобальное парное выравнивание

Protein name 1 Protein name 2 ID 1 ID 2 Score % Identify % Similarity Gaps Indels
Membrane-bound protein LytA 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI LYTA_BACSU FADI_ECOLI 15 3.9% 7.6% 386 14

Результаты выравнивния говорят о том, что данные белки совершенно не гомологичны, что не удивительно, учитывая тот факт, что они выполняют абсолютно разные функции у двух неродственных штаммов бактерий.



Локальное парное выравнивание

Protein name 1 Protein name 2 ID 1 ID 2 Score % Identify % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Membrane-bound protein LytA 3-ketoacyl-CoA thiolase FadI LYTA_BACSU FADI_ECOLI 25 29.7% 45.9% 1 1 49.1% 11.2%

Локальное выравнивание поддтверждает предположения о негомологичности данных белков.

Сохранение выравнивания в fasta-формате и импорт в Jalview

Глобальное выравнивание белков ZNUA_BACSU и ZNUA_ECOLI в виде проекта Jalview


Множественное выравнивание белков

В ответ на запрос 'mnemonic:acca_*' нашлось 469 белков.
Выровняв отобранные 7 белков (включая из организмов, данных в первом задании), можно заметить следующее:
1) эти белки гомологичны и имеют более-менее консервативные участки
2)все 7 белков хорошо выровнялись

*Результаты выравнивания можно посмотреть в этом файле .

© Nenartovich Marina 2017