Визуализация молекулы белка в JMol

Параметры водородных связей между остовными атомами во вторичной структуре
# Имена атомов Длина связи (Å) Угол N-O-C (°)

Альфа-спирали

1

[ALA]373:A.N-[LEU]369:A.O

3.0

152.9

2

[PHE]176.A.N-[VAL]172:A.O

3.05

150.4

3

[LEU]83:B.N-[LYS]79:B.O

3.08

153.9

Бета-тяжи

1

[SER]530:A.N-[ALA]454:A.O

3.02

159.6

2

[VAL]418:A.N-[HIS]50:B.O

2.83

156.5

3

[LEU]480:A.N-[TYR]529:A.O

3.05

165.9

Идеальная длина водородной связи- 3.5 Å, но, как мы можем наблюдать из данных, представленных выше, на практике водородная связь в среднем длинной 3.04 Å в альфа-спирали и 3.0 в бета-тяже.
Проанализировав величину углов N-O-C, можно сделать следующий вывод: зная, что в теории этот угол должен быть равен 180 °, на самом деле мы видим отклонение от этого значения (по среднему арифметическому) на 15% в альфа-пирали и на 11% в бета-тяже.
Список литературы:
1)

структуры белков




Ссылка на скрипт
© Nenartovich Marina 2017