Описание выбранного домена из Pfam:

-AC: PF00002

-ID: 7tm_2

-Это семейство известно как семейство B, семейство секретин-рецепторов или семейство-2 рецепторов, связанных с G-белком (GPCR). Они были описаны у многих видов животных, но не у растений, грибов или прокариот. Подсемейство B1 содержит классические рецепторы гормонов, такие как рецепторы секретина и глюкагона, которые участвуют в cAMP-опосредованных сигнальных путях. Подсемейство B2 содержит рецепторы с длинным внеклеточным N-концом, такие как антиген лейкоцитов CD97 (P48960); кальций-независимые рецепторы для латротоксина (такие как O94910) и специфические для мозга ингибиторы ангиогенеза (такие как O14514) и другие. Подсемейство B3 включает в себя Methuselah и другие белки Drosophila (например, P83119). Помимо типичной семитрансембранной области, характерные структурные особенности включают аминоконцевой внеклеточный домен, участвующий в связывании лиганда, и внутриклеточную петлю (IC3), необходимую для специфического связывания G-белка.

-ссылка на страницу домена в Pfam

-Таблица разных доменных архитектур с этим доменом. Всео- 668 архитектур (*ссылка).

Описание выбранных доменных архитектур;

-Далее использовались две доменные архитектуры:


в данной архитектуре 2624 представителей



В данно архитектуре 1326 представителей

Описание выбранного таксона и его подтаксонов

Был выбран таксон Metazoa и два его подтаксона Protostomia( Lophotrochozoa, Ecdysozoa) и Deuterostomia (Chordata, Echinodermata)

- Ссылка на таблицу Excel

-ссылка на выравнивание отобранных последовательностей домена

-Получившиеся выравнивания можно считать достоверными на основании множества консервативных позиций, таких как:
1) Абсолютно консервативные участки в начале последовательностей, а также идущие после (встречаются на протяжении всего выравнивания)
2) Большое количество консервативных блоков

Построение филогенетического дерева последовательностей домена PF00002

-Все нижеприведенные деревья были получены программой MEGA с использованием алгоритма максимального правдоподобия

-Листья деревьев следует читать таким образом:
<1- PF00002+PF01825, 2- PF00002+PF02793>
<Р- Protostomia, D- Deuterostomia>
<имя последовательности>



-Скобочная структура дерева

-Описание эволюции доменных архитектур: Данный домен очень древний и разделение на разные архитектуры произошло еще до разделения первичноротых и вторичноротых. При этом домен успел мутировать и уже в представленных двух архитектурах имеет разные консервативные позиции. Однако, в двух разделившихся ветвях первичноротые и вторичноротые обособились друг от друга, что биоилогически обосновано (с точки зрения принципа парсимонии).