Для этого практикума я выбрала белок человека с ID:ATG5_HUMAN (Autophagy protein 5). Его гомолог (ID:ATG5_KLUMD) был найден с помощью BLAST, однако они не являются близкими гомологами. Далее эти белки были выровнены тремя способами:
1) с помощью программы needle
2) на сайте UniProt
3) c помощью программы water
После, три выравнивания были выровнены относительно друг друга программой muscle и результат обработан в JalView.

Полученные отличия

*Первая группа (считая сверху)- выравнивание, полученое с помощью Needle, вторая- с помощью Water, третья группа- выравнивание, сделанное на сайте UniProt.

рис.1. Выравнивания из первой группы, первое из второй и последней сдвинуты вначале, потому метионины не совпали. Потом следует относительно не консерватиный участок высокой сложности, а с сороковой аминокислоты следует довольно консервативный участок, у которого тоже высокая сложность.


рис.2. Как и на первом рисунке, здесь можно увидеть гепы во втором выравнивании втрой группы и в обоих выравниваниях третьей, тогда как в первой группе на данном участке нет ни одного инделя. Но в целом данный участок довольно консервативен (особенно после гепов, т.е с 69 аминокислоты), однако если рассматривать отдельно группы, то, как и на рисунке выше,выравнивания из первой и третьей намного лучше, чем из втрой группы.


рис.3 На этом рисунке мы можем видеть гепы в первой группе, тогда как один столбец, состоящий их второго выравнивания второй группы и третьей группы показывает гомологию аминокислот. В остальном, этот участок также можно считать высокой сложности и вывавнивание из второй группы все так же оказывается не настолько удачным, как из первой и третьей группы.

Вывод: Как и следовало ожидать, для построения множественного выравнивания оказались более удачными выравнивания, постоеные Needle и на сайте UniProt, так как они являются глобальными, а то, что сделано Water- локальное.