Информация о белке LEUC_METJA

3D модель белка LEUC_METJA

UniProt ID	LEUC_METJA
UniProt AC	P81291
RefSeq ID	WP_010870000.1
PDB ID	4KP1; 4NQY
Длина	424 AA
Молекулярная масса	46107 MW
Рекомендуемое UniProt название	Isopropylmalate/citramalate isomerase large subunit (short-Malease)

Функции белка LEUC_METJA

LEUC_METJA- фермент с широкой спецификацией, катализирующий реакции обратимой изомеризации гидроксикислот посредствам гидрaтации\дегидратации. Учавствует в биосинтезе лейцина и изолейцина в организме Methanocaldococcus jannaschii. Биомолекула состоит из одной цепи, обладает аномально высокой оптимальной температурой 70 ° С, так как М.jannaschii- гипертермофильная архея.

Описание кластеров UniRef

Схожесть 50%

Идентификатор данного кластера- UniRef50_P81291.
Он включает 23 белка. Длина белка в данном кластере варьируется в диапозоне от 369 до 445 п.н. Белки, на 50% схожие с LEUC_METJA, встречаются у двух бактерий, одна из которых является алкалифильной (Alkaliphilus metalliredigens). Действительно, оптимальный pH для сравниваемого фермента- 7,5. Остальные организмы этого кластера относятся к археям.

Схожесть 90%

Идентификатор кластера- UniRef90_P81291.
Он включает в себя 9 белков, длина которых не сильно разбросана (от 422 до 445 а.о.). Все организмы, к которых продуцируются данные белки- археи семейства Methanocaldococcaceae.

Схожесть 100%

Идентификатор кластера- UniRef100_P81291.
Данный кластер включает в себя 2 белка.

Описание результатов поиска в UniProt

name:Malease

Поиск дал только два белка, оба относятся к разделу Reviewed.

__________________

name:"isopropylmalate citramalate isomerase large subunit"

Нашлось 24 белков. Практически все они продуцируются у архей, лишь несколько у бактерий (причем длина белка у бактерий меньше, чем у архей), несколько у растений. Только 1 относится к разделу Reviewed

__________________

name:"isomerase large subunit" organism:"methanocaldococcus jannaschii"

Нашeлся один белок (описываемый). Относится к разделу Reviewed

__________________

name:"isomerase large subunit" taxonomy:methanocaldococcaceae

Нашелся один белок (описываемый) из раздела Reviewed.

__________________

name:"isomerase large subunit" taxonomy:euryarchaeota

24 белка, только один из раздела Reviewed.

__________________

name:lysozyme

Нашлось 24247 белков, из раздела Reviewed- 239 белков. На первом месте по количеству- бактерии, затем эукариоты. На третьем месте- вирусы. Также имеется 35 метагеномов.

__________________

name:lysozyme taxonomy:fungi

Поиск дал 293 белка, из раздела Reviewed- 2.

__________________

name:trypsin annotation:(type:function inhibitor)

Всего 71 белок, все относятся к разделу Reviewed .

Отличие записи RefCeq от информации UniProt

В RefСeq, в основном, содержится информация об аминокислотной последовательности белка: сайты связывания, лиганды и т.п. В UniProt же есть монго информации о функции белка, его свойствах, есть альтернативные названия, идентификаторы данного белка в различных банках.

История изменений записи UniProt о белке LEUC_METJA

При сравнению первой (1998-07-15) и последней записи (2018-02-28) о данном белке видно, что поменялись:
а) UniProt ID- было LE22_METJA, стало- LEUC_METJA
b) поменялись идентификаторы EMBL, идентификатор TIGR перестал присутствовать в описании, но добавилось множество ID других банков
с) добавилась информация о свойствах белка, координаты вторичных структур.

---

© Nenartovich Marina 2017