Семейство доменов Ezh2_MCSS было выбрано случайным образом. Все критерии соблюдены.
ID: Ezh2_MCSS
AC: PF18600
Репрессивный комплекс 2 Polycomb (PRC2) осуществляет метилирование лизина 27 гистона H3, отличительного признака репрессивного хроматина. MCSS входит в состав этого комплекса и координирует цинк.[1]
Число последовательностей (full): 151
Число последовательностей в выравнивании seed: 21
Число доменных архитектур: 10
Я выбрала две доменных архитектуры. Первая по количеству последовательностей, G9MID7_HYPVG, содержит 70 белков. Вторая, X0B662_FUSOX, содержит 65 белков.
С данным доменом семейства всего 10 белков имеют 3D структуру.
Домен встречается только в белках Эукариот. В порядке Hypocreales 32 последовательности, у Glomerellales 14 белков, у Xylariales 18.
Дата создания HMM профиля выравнивания - 13.10.21 (Wed Oct 13 17:27:05 2021). Число позиций - 21.
Карта локального сходства двух белков с разной доменной архитектурой (G9MID7_HYPVG и X0B662_FUSOX) представлена ниже:
Рис. 1. Карта локального сходства двух белков с разной доменной архитектурой.
Произошёл ряд делеций. Самая крупная - в 20 аминокислотных остатков.
Я решила работать с двумя крупными группам, которые в проекте Jalview обозначены болотным (первая) и ярко-зеленым цветом (вторая).
Таблица 1. Различия групп
| Колонка 11 | Колонка 14 | 25 | 40 | 46 | 52 | 57,58 | 62 | 66 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Группа №1 | Много A, G | Много С | D, S, A | В основном D | В основном K | Самые разнообразные | Много G, P | Алифатические неполярные и полярные незаряженные | Положительно заряженные |
| Группа №2 | Много E | много T, A | S | В основном G | R, K | В основном отрицательно заряженные (E,D) | G | Алифатические неполярные | Положительно заряженные и полярные незаряженные |
Таблица с необходимыми колонками в формате Excel доступна для скачивания ниже:
Ссылка на таблицу в Excel[1] Structural basis of oncogenic histone H3K27M inhibition of human polycomb repressive complex 2. Neil Justin, Ying Zhang, Cataldo Tarricone, Stephen R Martin.